本发明公开了茶树CsFAAH6基因及其应用,茶树CsFAAH6基因的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.1所示。茶树CsFAAH6基因编码的蛋白的氨基酸序列如序列表中SEQ IDNO.2所示。CsFAAH6在茶树成熟叶片高表达;不同品种茶树在不同月份新稍(一芽二叶)中茶氨酸含量与CsFAAH6表达量之间显著负相关;瞬时沉默CsFAAH6表达能够显著提高茶氨酸的含量,表明CsFAAH6具有降解茶氨酸的生理功能及其分子机制。本发明将丰富人们对茶树茶氨酸的代谢机制的认识,为通过分子辅助育种手段培育出高茶氨酸茶树新品种提供了理论依据和靶标基因。