本发明属于基因工程领域,具体涉及一对控制甜瓜毛状体发育(有毛/无毛)的等位基因GL/gl。控制甜瓜无毛性状的基因gl,在无毛材料中为隐性纯合,该基因全长5366bp,具体碱基序列如SEQ ID NO.1所示;控制甜瓜有毛性状的基因GL,在有毛材料中为显性纯合或杂合,具体碱基序列如SEQ ID NO.2所示。本发明首次对甜瓜无毛性状进行了精细定位,并进一步利用染色体步移实现了对GL/gl基因的最终克隆,对了解甜瓜表皮毛形成机制及其调控网络具有重要意义;同时根据该基因在有毛材料和无毛材料中的序列差异,开发了针对该基因的稳定的特异性dCAPS功能标记,可简便高效地应用于分子标记辅助育种。