本发明公开了一种评估黄鳍鲷种群遗传多样性的SSR标记引物,所述引物包括8对,分别为引物1~引物8,其核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1~16所示。还公开了一种评估黄鳍鲷群体遗传多样性的方法,该方法通过对黄鳍鲷组织进行RNA提取,经过测序和SSR挖掘,以多个地区的黄鳍鲷基因组DNA为材料,对开发的SSR标记引物进行验证,获得8对优良的SSR分子标记引物,本发明获得的SSR标记均能够特异性扩增,具有跨物种通用性、高度多态性、共显性且易于检测等优点。所述的SSR分子标记可用于黄鳍鲷种质鉴定、遗传多样性分析等领域,同时为今后黄鳍鲷种质资源调查、开发和保护提供理论基础。