本发明属于生物信息技术领域，公开了一种叶绿体基因组高变位点及其检测方法与应用，所述叶绿体基因组高变位点由一对引物序列确定，所述引物的核苷酸序列为SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2；所述叶绿体基因组高变位点的检测方法包括：合成引物；提取待分析柑桔类材料的基因组总DNA，PCR扩增获得高变位点序列；将扩增产物进行电泳检测，回收目的DNA片段；将目的DNA片段加尾，获得重组T载体；将重组T载体转化大肠杆菌感受态细胞；蓝白斑筛选，挑取白色单菌落恒温培养，菌液测序。本发明通过对该序列进行基因组扩增、克隆、测序和比对分析，可以较好地判断不同柑桔果树的胞质来源，实现对柑桔类果树的类群区分。
本发明属于基因工程技术领域，公开了一种短DNA序列在柑桔类群和柑桔种苗鉴定的应用，鉴定短DNA序列的引物序列为SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2，以及由该引物界定的序列在主要柑桔类群的代表序列及其SNP、SSR和Indel组合特征表。本发明通过给定引物扩增柑桔基因组，得到目标短序列并进行克隆测序分析；根据片段SSR、Indel和/或SNP变异特性或变化组合，可对柑桔的杂合状态、柑桔类群和柑桔种苗进行鉴定。本发明通过对一段特定短序列的克隆测序，比较测序序列的特征，完成柑桔类果树不同材料的分析鉴定。通过对序列进行基因组扩增、克隆、测序和与组合特征表比对分析，对柑桔类果树进行类群区分。
