本发明公开一种β‑胡萝卜素羟化酶及其基因与应用,其中,所述β‑胡萝卜素羟化酶为SEQ ID NO:2所示的氨基酸序列。本发明提供的β‑胡萝卜素羟化酶能更高效的转化β‑胡萝卜素,得到纯度更高的玉米黄质产物。经测定,玉米黄质含量在含有本发明β‑胡萝卜素羟化酶基因(HpCrtR‑b2基因)的大肠杆菌转化株中高达59.1mg/g干重。另外,含有本发明HpCrtR‑b2基因的大肠杆菌转化株中玉米黄质占总检测化合物的84.6%,显著优于另一个已报道的雨生红球藻β‑胡萝卜素羟化酶(73.1%);本发明提供的β‑胡萝卜素羟化酶能在β‑胡萝卜素氧化酶/酮化酶基因BKT1的协同作用下,将β‑胡萝卜素转化为虾青素。