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[发明专利]一种TMT项目图谱解析和数据分析的方法及系统-CN202310273691.1有效
发明人：杨兵;黄齐天;冯利兴;封一统;韩继臣 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2023-03-21 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： G06F16/901 文献下载
摘要：本发明公开了一种TMT项目图谱解析和数据分析的方法，目的是解决传统基于人工手动进行谱图解析和数据分析效率低下、项目交付周期长的问题。该方法包括以下步骤：项目列表文件解析，项目解析文件准备，谱图自动解析，项目数据自动分析，结果导出保存。采用本发明，可实现对多个TMT项目自动进行谱图解析和数据分析，可以避免分析人员重复劳动，节省了人力成本，提升了项目交付效率。本发明还公开了实现上述方法的系统及上述方法在TMT项目图谱解析和数据分析中的应用。
一种 tmt 项目图谱解析数据分析方法系统

[发明专利]一种蛋白质功能注释方法及系统-CN201811480806.X有效
发明人：杨兵;严俊;韩继臣;沈娇娇 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2018-12-05 - 公布日： 2022-10-21 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息领域，特别是涉及一种蛋白质功能注释方法及系统。本发明的蛋白质功能注释方法包括下列步骤：蛋白质注释：结合序列比对与ID匹配，完成GO功能注释及KEGG通路注释；蛋白质表达差异注释；富集以及注释结果整理与输出。本发明的蛋白质功能注释方法，特别适用于对蛋白质谱搜库结果进行蛋白质功能注释。
一种蛋白质功能注释方法系统

[发明专利]自动搜库方法、系统及终端-CN202210563439.X在审
发明人：杨兵;韩继臣;封一统;冯利兴 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2022-05-20 - 公布日： 2022-08-05 - 主分类号： G06F16/2455 文献下载
摘要：本发明提供一种自动搜库方法、系统及终端，通过从所述配置文件中提取的各项目的关键配置信息以及依次导入各项目原始数据，对每个项目执行自动搜库操作，导出并储存每个项目的搜库结果数据。本发明无需人力就可以实现对多个项目的批量化操作，节省了人工从而避免了人为失误，还提高了项目交付质量进而提升了搜库效率。
自动方法系统终端

[发明专利]基于宏基因组的抗性基因分析方法、装置、介质及终端-CN202011289003.3在审
发明人：丁赟;韩继臣;赵建华;罗春 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2020-11-17 - 公布日： 2021-11-05 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供基于宏基因组的抗性基因分析方法、装置、介质及终端。所述方法包括：获取多个宏基因组样本的测序原始数据，并对其进行序列质控以获得各宏基因组样本的优化数据；将所述优化数据分别与物种、抗性基因、可移动元件和个性化功能参考数据库进行序列对比，以获得其对应的注释信息；基于所述注释信息统计各样本的丰度信息、占比信息；对所述丰度信息、占比信息和注释信息进行数据挖掘分析，获取抗性基因与物种、可移动元件及个性化功能之间的相关性信息。本发明有利于快速、全面地了解环境中的物种组成、功能组成、抗生素抗性基因在环境中的分布和可移动性等，并且挖掘了抗生素抗性基因与物种、可移动元件及个性化功能之间的相关性。
基于宏基抗性基因分析方法装置介质终端

[发明专利]基于KEGG数据库的注释方法、装置、设备和介质-CN202011210906.8在审
发明人：黄龙;韩继臣;李丽翠 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2020-11-03 - 公布日： 2021-02-26 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本申请提供的一种基于KEGG数据库的注释方法、装置、设备和介质，通过按一定频率从KEGG官方数据库下载或更新数据文件，并针对不同物种、及层级构建子数据库；分别提取不同物种的关键信息并进行数据整理以得到对应各子数据库的统一格式的信息文件；利用核酸序列同源性比对寻找同源ID，并根据所述信息文件进行数据注释；其中，针对不同物种对应的不同层级分别进行数据注释。本申请能确保数据文件下载完整和更新及时，数据提取准确和全面，比对结果准确和读取方便，以及确保项目注释效率高，耗资少。
基于 kegg 数据库注释方法装置设备介质

[发明专利]一种蛋白质氨基酸序列覆盖度的检测方法-CN201910119275.X在审
发明人：张文明;杨兵;韩继臣 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2019-02-18 - 公布日： 2020-08-25 - 主分类号： G01N30/88 文献下载
摘要：本发明提供了一种蛋白质氨基酸序列覆盖度的检测方法。该蛋白质氨基酸序列覆盖度的检测方法包括蛋白还原烷基化、蛋白酶解、多肽脱盐、液质检测和数据分析，其中，蛋白酶解是通过加入弹性蛋白酶进行单酶切获得肽段，弹性蛋白酶与待检测的蛋白质的质量比为1：（20~100）。本发明的蛋白质氨基酸序列覆盖度的检测方法采用弹性蛋白酶实现单酶切，不需要模拟酶切预测来选择对应的酶；不需要多种酶切，只要一种酶；同时采用HLB柱脱盐，不会漏掉亲水性多肽，提高覆盖度；本发明的检测方法的快速简便、工作量少、检测周期短、价格经济，能够达到100%的氨基酸序列覆盖度。
一种蛋白质氨基酸序列覆盖检测方法

[发明专利]一种适合环境类样本和粪便类样本的宏蛋白提取方法-CN201910797157.4在审
发明人：冯景山;冯利兴;杨兵;韩继臣 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2019-08-27 - 公布日： 2019-11-12 - 主分类号： C07K1/14 文献下载
摘要：本发明公开了一种适合环境类样本和粪便类样本的宏蛋白提取方法，属于蛋白提取领域。本发明通过优化蛋白提取的全流程，包括使用高通量组织研磨仪对样本进行湿磨、通过自行配制的提取液对样本进行蛋白提取、样品湿磨后置于冰上裂解等过程，建立了一种适合环境类样本和粪便类样本的宏蛋白提取方法，可以成功提取绝大部分的环境类样本和粪便类样本，提取的蛋白质得率更高，纯度更好，条带更清晰丰富，对于后续质谱鉴定具有显著的优势。本发明解决了目前对自然环境中采集的样品由于含有许多干扰物质，蛋白质提取困难，且处理步骤会造成蛋白的进一步损失的问题。
样本蛋白提取粪便湿磨蛋白质提取高通量组织干扰物质质谱鉴定全流程提取液研磨仪得率裂解条带蛋白质自然环境配制蛋白采集清晰优化成功

[发明专利]定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法及其应用-CN201510308841.3有效
发明人：曾丰波;杨功达;韩继臣 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2015-06-05 - 公布日： 2018-02-09 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明属于分子生物学技术领域，公开了一种定量样本中源自细胞凋亡的DNA浓度的方法，该方法对正常人的血浆游离DNA和机械打断的组织DNA测序后，统计在血浆游离DNA测序序列和组织DNA测序序列中含量存在显著差异的差异序列集合，并通过计算得出来自于细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值、来自于非细胞凋亡样本的差异序列对应片段百分比总量的估计值，最后结合待检样本的差异序列对应片段百分比总量的实际值，计算得到待检样本中源自细胞凋亡的DNA的浓度。此外，本发明计算得到的待检样本中源自细胞凋亡的DNA的浓度值，还可用于对游离DNA样本的质控以及对组织坏死的检测。
定量样本源自细胞 dna 浓度方法及其应用

[发明专利]线粒体DNA拷贝数变异性的检测装置-CN201510126196.3有效
发明人：曾丰波;杨功达;陈昌岳;韩继臣;张祥林 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2015-03-20 - 公布日： 2017-02-08 - 主分类号： C12M1/34 文献下载
摘要：本发明涉及医学检测技术领域，公开了一种线粒体DNA拷贝数变异性的检测装置，包括测序单元，对待检者血浆样本中的游离DNA进行全基因组测序；计算单元，将待检样本的测序结果比对到人类参考基因组上，计算待检样本的线粒体DNA拷贝指数；比较判断单元，将待检样本的线粒体DNA拷贝指数与预先设定的诊断界限值比较，判断待检样本是否存在线粒体DNA拷贝数变异性，并可进一步判断待检者罹患癌症的风险。本发明的检测装置将分子生物学测序技术与生物信息分析技术结合，通过对血液中游离DNA进行的全基因组测序，达到对线粒体DNA拷贝数异常情况的识别，由此来判断待检者是否罹患癌症，实现了对癌症的早期无创筛查。
线粒体 dna 拷贝变异性检测装置

[发明专利]核酸回收纯化试剂盒及方法-CN201510439183.1在审
发明人： 韩继臣;李胜彬;于丹;徐亚楠 -专利权人：上海美吉生物医药科技有限公司
申请日： 2015-07-23 - 公布日： 2015-10-14 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种核酸回收纯化试剂盒，包括溶胶液、磁珠液和结合液；溶胶液中含有浓度为3mol/L～4mol/L异硫氰酸胍和浓度为20mol/L～30mol/L的Tris-Hcl缓冲液，其余为水；磁珠液中含有0.2mg/mL～3mg/mL的羟基磁珠，其余为水；结合液中含有浓度为40%～60%异丙醇和浓度为1mol/L～2mol/L的氯化钠，其余为水。本发明还涉及一种采用该试剂盒的核酸回收纯化方法。本发明的核酸回收纯化试剂盒及方法可以快速高效地回收纯化琼脂糖凝胶中的大片段核酸。
核酸回收纯化试剂盒方法

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