本发明公开了清风藤碱合成酶及制备方法和在S‑牛心果碱直接生成吗啡烷类生物碱的基本骨架中的用途,涉及基因和酶工程领域,解决现有S‑牛心果碱到R‑牛心果碱的异构化是吗啡烷类生物碱合成的绊脚石的问题,包括清风藤碱合成酶,所述蛋白酶包含选自SEQ ID NO:1,SEQ ID NO:2,SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4所示氨基酸序列;本发明验证了清风藤碱合成酶的生物活性和底物(S‑牛心果碱)独特性,为实现清风藤碱,继而实现青风藤青藤碱的合成生物学研究及产业化应用奠定坚实的基础,同时为吗啡烷类生物碱的合成提供了新思路,建立一条高效便捷的生物合成途径,也为合成生物学带来了新的挑战。