本发明公开了一种基于CRISPR‑Cas9靶向敲除人BNIP3基因的sgRNA、细胞系及应用。所述的sgRNA的靶DNA序列为序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的序列中的至少一种。将sgRNA的DNA双链中的正义链和反义链进行退火形成双链DNA;将双链DNA与线性化的含有绿色荧光的载体连接,得到含有靶向敲除人BNIP3基因的sgRNA和绿色荧光蛋白基因的质粒载体,同时辅以一个含有编码cas9的辅助质粒,得到双质粒敲除载体系统。将双质粒敲除载体系统转入到人靶细胞中,筛选,得到敲除人BNIP3基因的细胞系。该细胞系可在人细胞中线粒体自噬和细胞凋亡研究中的应用。