本发明涉及分子辅助育种技术领域,公开了一种马氏珠母贝类胡萝卜素含量相关的Pm‑SRB基因SNP分子标记及其应用。SNP分子标记位点如核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,在该序列第1102、1143、1154与1642处分别存在AG、AG、TC与GA突变,筛选与类胡萝卜素含量显著关联的Pm‑SRB基因SNP分子标记,选留基因型组合AATT/AATT的个体为育种亲本,培育富含类胡萝卜素含量的养殖新品系。本发明的方法提高了马氏珠母贝亲本筛选的准确性,可以获得类胡萝卜素含量高而且遗传稳定马氏珠母贝新品系。