本发明公开了与玉米抗茎基腐病基因位点qFCR9紧密连锁的分子标记及其应用,属于分子生物学及遗传育种。该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示,在所述核苷酸序列的第21位碱基处,碱基突变为G或T;所述分子标记K1207与玉米抗茎基腐病基因位点qFCR9共定位于玉米9号染色体上,且位于Bin_9.004‑Bin_9.005区段内。本发明公开的分子标记K1207与抗茎基腐病基因位点qFCR9显著相关,呈现紧密连锁标记特征,用于分子标记辅助选择的准确性高,提高适应不同环境的玉米特定抗茎基腐病品种的选择鉴定效率,且成功率高,可大大加快玉米抗病品种的选育进程。