本发明公开了三峡库区沿江口岸4种鼠类cytB特异序列及分子鉴定方法,包括DNA序列为SEQ ID NO.1的黄胸鼠cytB基因序列;DNA序列为SEQ ID NO.2的小家鼠cytB基因序列;DNA序列为SEQ ID NO.3的褐家鼠cytB基因序列;DNA序列为SEQ ID NO.4的黑线姬鼠cytB基因序列。以及利用上述基因序列鉴定黄胸鼠、小家鼠、褐家鼠以及黑线姬鼠的方法,包括DNA模板的制备、PCR扩增、PCR产物检测、序列分析步骤。本方法能快速进行遗传分析以确定截获鼠类是否为本地鼠类,还能对种内不同地理种,不同个体进行区别。