本发明提供了一种针对新冠病毒变异毒株Delta的融合蛋白、喷鼻式疫苗及其制备方法和应用,属于病毒疫苗技术领域。一种针对新冠病毒变异毒株Delta的融合蛋白是刺突蛋白S、跨膜蛋白M和核衣壳蛋白N融合形成;S蛋白、M蛋白和N蛋白的编码基因依次如SEQ ID NO:1~3所示。由所述融合蛋白和佐剂混合制备的喷鼻式疫苗,具有良好的免疫原性、安全性和生物学活性,能够诱导机体产生有效抗体,从而抑制新型冠状病毒变异株Delta的生长,可有效预防感染Delta;采用喷鼻式疫苗形式,无需注射、操作简便,避免了使用注射类疫苗后会发生不良反应,而且疫苗制备方法简单、易于纯化,安全性高,疫苗可较快的应用于临床试验。