本发明公开了基于多‑单‑合‑标‑证之新模式开发的小麦每小穗小花数OTL的分子标记及其应用,涉及小麦分子育种领域。所述分子标记与小麦每小穗小花数QTLQTFS.sau‑MC‑1A共定位于小麦1A染色体短臂上,所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示,所述核苷酸序列的21bp处碱基存在一个SNP位点,所述SNP位点为A/G突变。该分子标记与小麦每小穗小花数QTLQTFS.sau‑MC‑1A紧密连锁,能准确跟踪小麦每小穗小花数或QTL QTFS.sau‑MC‑1A,预测小麦的每小穗小花数特性,进而方便进行分子设计育种,加快小麦高产品种的培育进程。