本发明公开了一种肺癌稀有ALK融合突变基因及其检测引物、试剂盒和检测方法。本发明包括非小细胞肺癌中的稀有CNTNAP5‑ALK融合突变序列(SEQ ID NO.1)及用于检测上述融合突变序列的一对引物(SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3序列)。本发明使用上述引物对对CNTNAP5‑ALK融合突变序列(SEQ ID NO.1)进行扩增,将扩增产物进行末端修饰,修饰后的产物连接测序接头,最后将连接后的产物进行纯化即得可以直接测序的文库。本发明的引物、方法及试剂盒,可以高效、快速、简便的对上述稀有融合序列进行扩增、测序及检测。