本发明提供了一对用于鉴定小麦NAM‑B1基因缺失的引物组及其应用,该引物组核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示;该引物组可以应用于检测NAM‑B1基因缺失型小麦以及检测小麦NAM‑B1的基因型;即以该引物组作为引物,以小麦DNA为模板进行PCR扩增,若电泳产物出现1229 bp的条带,则说明该小麦中NAM‑B1基因型为缺失基因型;该引物组还可与NAM‑B1功能基因型的分子标记兼容并同时使用,以杂交分离世代不同单株的基因组DNA为模板,进行PCR扩增,根据电泳产物条带个数和大小,区分NAM‑B1缺失基因型、功能基因型、NAM‑B1杂合基因型;该引物能够快速鉴定小麦品种或杂交后代中是否含有NAM‑B1缺失基因型,检测方式简单,效率更高,有效的加快辅助育种进程。