本发明公开了水稻苗期叶片白化性状基因Oscaac1及其应用,属于水稻育种领域。本发明从一个苗期第一、第二片叶白化性状突变体中图位克隆了突变基因Oscaac1,其基因组序列如SEQ ID NO.4所示;其野生型基因编码一个叶绿体被膜ATP/ADP转运蛋白。将Oscaac1基因导入到水稻保持系、不育系中,培育具有苗期白化叶片性状的三系和/或两系不育系;当制种获得的杂交F1代进行幼苗期鉴定时,出现白化叶片的植株为不育系自交的假杂种。本发明公开的Oscaac1基因在水稻育种的杂交F1代杂种纯度鉴定和不育系自交繁殖保种纯度鉴定工作中具有应用前景,对提高种子纯度、减少杂交水稻生产风险具有重要的意义。