本发明涉及生物技术领域,特别涉及一种苹果中MdMYB44基因启动子SNP变异位点及其在预测苹果果实酸度中的应用。所述MdMYB44基因启动子的核苷酸序列如SEQ IN NO:1所示,该基因启动子起始编码子ATG上游启动子区‑536bp位存在一个T/‑SNP变异位点,在‑1010bp位存在一个A/G SNP变异位点。所述变异位点SNPA/G和SNPT/‑的不同组合可应用于苹果果实酸度性状的早期预测筛选和分子辅助育种。本发明在苹果幼苗期就可以用于苹果果实酸度的早期筛选,在杂交育种初期就能筛选后代的酸度表型,从而满足科研、鲜食、果汁加工等的要求。同时,本发明还会提高苹果育种的筛选效率,缩短育种年限。