本发明公开了一种用于细毛羊辅助选育的分子标记及应用方法,所述分子标记为STR标记,核心序列为(CA)n重复,重复数n在5~24之间。用SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示引物,对绵羊个体进行基因组DNA的PCR扩增,PCR产物测序,即可获得(CA)n重复数。当测序结果中(CA)n重复数n为17或者18时,绵羊为细毛羊品种,当n为23或者24时为非细毛羊品种;当CA重复为不连续重复时,即CA重复被两个碱基TA或GA分成两段,数量为12+11或者13+11时,为细毛羊与非细毛羊杂交品种。本发明的技术优势在于可以实现对细毛羊品种的鉴定和个体的早期辅助选择,亦可用于细毛羊杂交品种培育的辅助分子标记,可以从大量群体或细毛羊杂交后代中高效精准选择细毛羊个体,提高育种效率。