本发明公开了一种脂肪酶,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。编码权该脂肪酶的基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。所述脂肪酶在水解虾青素酯/制备虾青素中的应用,水解条件为:最适温度为30℃,最适pH为7.0~8.0。本发明还公开了一种重组载体和重组工程菌,包含有编码脂肪酶的基因。本发明的脂肪酶,可以针对来源于雨生红球藻的虾青素酯进行高效水解,在优化条件下水解虾青素酯20h,虾青素酯的水解率可达99.5%,较传统皂化法明显降低了副产物的产生,同时与其他酶水解法相比,水解效率也具有较大优势。