本发明公开了一种根腐线虫效应蛋白Pc‑NEX2,所述效应蛋白Pc‑NEX2的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示,其编码基因Pc‑NEX2的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示,涉及生物基因工程技术领域。基于该基因设计的原位杂交探针显示编码基因Pc‑NEX2在咖啡短体线虫食道腺细胞中表达,且在不同发育阶段的表达水平不同,基于该基因设计的dsRNA可降低咖啡短体线虫的繁殖和致病能力,因此利用该蛋白或其编码基因进行生物防控具有重大价值;且对于短体线虫致病机理研究以及抗线虫植物制备提供了理论基础。