本发明公开了一个用于区分五个辣椒栽培种的InDel标记引物对及其应用。一个用于区分五个辣椒栽培种的Indel标记引物对，由SEQ ID NO.1所示的正向引物和SEQ ID NO.2所示的反向引物组成。用五个辣椒栽培种基因组DNA进行PCR扩展；如果有133bp的分子标记谱带，则为一年生辣椒；如果有135bp则为灌木状辣椒；如果有138bp分子标记谱带，则为中国辣椒；如果有141bp的分子标记谱带，则为下垂辣椒；如果有148bp的分子标记谱带，则为柔毛辣椒。该标记可用于区分辣椒的五个栽培种及其杂交种，为辣椒栽培种的划分提供了分子依据，为远缘杂交种的鉴定提供了更为可靠和准确的鉴定方法。
本发明公开了一种用于鉴别辣椒抗感CMV的引物对及其应用。一种用于鉴别辣椒抗感CMV的引物对，正向引物如SEQ ID NO.1所示，反向引物如SEQ ID NO.2所示。利用辣椒基因组DNA对该标记进行PCR扩增；如果有214 bp的分子标记条带，则为抗病植株；如果有220bp的分子标记条带，则为感病植株。利用该标记可以精准高效的筛选抗CMV育种材料，在杂交和回交群体中可高效、准确的筛选携带抗性基因的后代单株，相较于常规抗CMV育种，可显著加快抗CMV育种材料的创制和新品种的选育。
本发明公开了一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记开发及其应用。一个区分五个辣椒栽培种的Indel标记引物，由SEQ ID NO.1所示的正向引物和SEQ ID NO.2所示的反向引物组成。用五个辣椒栽培种材料的基因组DNA以本发明引物进行PCR扩增，可快速准确的区分5个辣椒栽培种，可以对5个辣椒栽培种进行区分并用于鉴定五个栽培种的种间杂交种。
