本发明公开了一种抗菌肽融合蛋白及其制备方法和应用,涉及生物制药工程技术领域。所述抗菌肽融合蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.7所示。本发明通过柔性肽链,将人锌铜超氧化物歧化酶的两端与抗菌肽CecropinB融合,设计出一种抗菌肽融合蛋白Cb‑SOD‑Cb。该抗菌肽融合蛋白既有抗氧化活性,又具有抗菌活性,可用于抗菌药物及美容护肤品的制备中。本发明在宿主细胞内采用包涵体表达抗菌肽融合蛋白Cb‑SOD‑Cb,避免了可溶性表达产生的重组蛋白对宿主造成的伤害,并采用包涵体清洗除杂及变复性技术制备了兼具有抗菌活性及抗氧化性的重组蛋白。