本发明供用于诊断结核分枝杆菌感染的新型分子标志物,分子标志物选自序列如SEQ ID NO.1~28所示的RNA中的一种或两种以上的组合;或者,选自与SEQ ID NO.1~28所示的任何其中一种RNA的片段具有相同序列或者>50%相同序列的RNA;或者是与SEQ ID NO.1~28所示的任何其中一种RNA全长或片段具有>50%的RNA序列相似性的人工合成、拼接、重组或克隆的RNA。本发明还提供上述分子标注物的特异性引物组,及提供上述分子标志物及引物组的应用。序列如SEQ ID NO.1~28所示的RNA可以作为判别是否被结核分枝杆菌感染的特异分子标志物或诊断靶点,可应用于制备用于诊断结核分枝杆菌感染的制剂中。