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[发明专利]基于原子节点与网络约束模型解析蛋白结构刚性弱点的方法和装置-CN202310709472.3在审
发明人：易吉辉;李铎;许春莲 -专利权人： 深圳新锐基因科技有限公司
申请日： 2023-06-14 - 公布日： 2023-08-29 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本申请涉及一种基于原子节点与网络约束模型解析蛋白结构刚性弱点的方法和装置。该方法包括：获取目标蛋白分子的第一晶体结构；对第一晶体结构进行自由能极小化模拟，获得能量极小化晶体结构；构建能量极小化晶体结构的原子节点与网络约束模型；对原子节点与网络约束模型进行热解折叠分子动力学模拟，直至原子节点与网络约束模型处于运动平衡状态；对处于运动平衡状态的原子节点与网络约束模型进行解析，并得到解析结果；根据解析结果，找出目标蛋白分子中的刚性薄弱区域。本申请提供的方案，能够计算出蛋白结构的刚性弱点，寻找出更合适的改构位点或区域，从而能对蛋白进行针对性的突变，以提高蛋白质分子的稳定性。
基于原子节点网络约束模型解析蛋白结构刚性弱点方法装置

[发明专利]基于同源蛋白序列进化方向结合自由能变提高蛋白稳定性的方法及装置-CN202310451609.X在审
发明人：易吉辉;李铎;许春莲 -专利权人： 深圳新锐基因科技有限公司
申请日： 2023-04-17 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本申请涉及一种基于同源蛋白序列进化方向结合自由能变提高蛋白稳定性的方法及装置。该方法包括：获取目标蛋白分子的晶体结构、目标蛋白分子的序列及其同源序列；将目标蛋白分子的序列与同源序列作比对，从目标蛋白分子的序列中筛选出满足比对条件的多个突变氨基酸残基；构建突变文库，突变文库中包含多个突变氨基酸残基的位点信息和突变信息；按照突变文库中多个突变氨基酸残基的位点信息和突变信息，计算目标蛋白分子的晶体结构中对应位点的氨基酸残基产生对应突变的自由能变；将自由能变小于预设阈值的对应的氨基酸残基作为目标突变位点。本申请提供的方案，能够筛选出更合适的突变位点，从而能利用筛选出的突变位点提高蛋白质分子稳定性。
基于同源蛋白序列进化方向结合自由能提高稳定性方法装置

[发明专利]基于氨基酸残基突变提高蛋白质分子稳定性的方法及装置-CN202310458615.8在审
发明人：易吉辉;李铎;许春莲 -专利权人： 深圳新锐基因科技有限公司
申请日： 2023-04-17 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本申请涉及一种基于氨基酸残基突变提高蛋白质分子稳定性的方法、装置、设备及存储介质。该方法包括：获取目标蛋白分子的第一晶体结构；从第一晶体结构的氨基酸残基中筛选出非关键位点；对第一晶体结构进行自由能计算，并得到多个计算结果，多个计算结果包括目标蛋白分子的构象和自由能；比较多个计算结果的自由能，并将满足预置条件的构象作为目标蛋白分子的目标晶体结构；对目标晶体结构的非关键位点进行虚拟突变，并计算非关键位点的突变自由能；根据非关键位点的突变自由能，将满足突变条件的非关键位点作为突变位点；根据突变位点对目标蛋白分子进行突变以提高目标蛋白分子的稳定性。本申请提供的方案，能够提高蛋白质分子稳定性。
基于氨基酸残基突变提高蛋白质分子稳定性方法装置

[发明专利]基于计算结构生物学的蛋白分子动态二硫键的引入方法及装置-CN202310418537.9在审
发明人：易吉辉;李铎;许春莲 -专利权人： 深圳新锐基因科技有限公司
申请日： 2023-04-17 - 公布日： 2023-07-14 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本申请涉及基于计算结构生物学的蛋白分子动态二硫键的引入方法及装置。该引入方法包括：获取目标蛋白分子的第一晶体结构，按照第一预设条件从第一晶体结构的氨基酸残基中筛选出可突变为半胱氨酸的潜在位点；对目标蛋白分子的第一晶体结构进行分子动力学模拟，直至目标蛋白分子的构象变化处于平衡状态，选取处于平衡状态的目标蛋白分子的多个构象作为目标构象；计算目标构象的潜在位点中突变成半胱氨酸后可形成二硫键的位点作为待选位点；在待选位点中，筛选出突变后符合成键条件的位点作为动态二硫键引入位点。本申请提供的方案，能够解决因蛋白质晶体结构的静态单一构象造成的计算偏差问题。
基于计算结构生物学蛋白分子动态二硫键引入方法装置