本发明涉及球虫耐药性检测技术领域,具体涉及与鸡球虫癸氧喹酯耐药性相关的SNP分子标记及其应用。本发明提供的SNP分子标记含有如SEQ ID NO.1所示序列第379位多态性为G/C的核苷酸序列。该SNP分子标记可用于区分鉴别癸氧喹酯敏感和耐药的鸡球虫,具有较高的癸氧喹酯耐药性检测准确性,检测结果与笼饲实验一致。本发明还提供SEQ ID NO.16‑17所示的该SNP分子标记的检测引物以及利用该引物结合PCR技术检测鸡球虫癸氧喹酯耐药性的方法。该方法具有检测耗时短、操作简单,检测成本低的优势,可广泛应用于鸡球虫癸氧喹酯耐药性的临床检测。