本发明公开了一种磷酸果糖激酶及其编码基因与应用。该蛋白是具有下述氨基酸残基序列之一的蛋白质:1)序列表中的SEQ ID №.1的氨基酸残基序列;2)将序列表中的SEQ ID №.1氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有磷酸果糖激酶的由SEQ ID№:1衍生的蛋白质。该蛋白经转基因实验表明,该基因具有磷酸果糖激酶功能,该基因的cDNA转入磷酸果糖激酶缺陷株RL257后获得的转基因菌株可以在以甘露醇为唯一碳源的M63基本培养基上正常生长。经基因表达实验表明,该蛋白,可提高其对逆境的抗性,从而提高产量。