本发明属于分子标记辅助育种技术领域,具体公开了一种与瓯江彩鲤体表体色相关的结构变异分子标记、特异引物及其应用。在白色品系“粉玉”瓯江彩鲤Scarb1基因上游启动子区域(起始密码子ATG上游652bp处)有355bp的DNA片段插入,而纯合红色品系“全红”瓯江彩鲤无此355bp的DNA片段插入,该DNA片段即为所述的结构变异分子标记,其序列如SEQ ID NO:1所示。所述结构变异分子标记的特异引物如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示。利用所述特异引物对待测红色品系瓯江彩鲤的基因组DNA进行PCR扩增,并对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,根据电泳图谱的条带大小即可判定红色品系瓯江彩鲤是纯合型还是杂合型。本发明能够辅助瓯江彩鲤的遗传育种工作,实现低成本且准确高效的红色品系瓯江彩鲤保种和选育。