本发明公开了一种在图形处理器上实现大规模耗散粒子动力学模拟的方法。本发明的主要步骤如下：第一步，设定模拟初始状态；第二步，完成邻居列表的初始化；第三步，建立粒子编号从（i-1）*k-1到i*k的k个粒子的邻居列表，其中i为循环计数器，k为每次计算的粒子数；第四步，计算粒子编号从（i-1）*k-1到i*k的k个粒子的对应的非键相互作用；第五步，重复步骤三到四，直至i*k>=N；第六步，不断迭代模拟步，模拟结束后分析数据。通过方法我们可在当前的图形处理器（NVIDIA Tesla C2050）上，突破显存空间的限制，实现了超过一千万粒子规模的耗散粒子动力学模拟。
