本申请涉及一种用于多重呼吸道病原菌和耐药基因检测的引物探针组合物、试剂盒。所述引物探针组合物中包括13组分别用于对待检测的呼吸道病原菌和耐药基因进行检测的引物探针组;且13组分别用于对待检测的呼吸道病原菌和耐药基因进行检测的引物探针组中的正、反向引物和探针的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1~42所示。本申请所提供的用于多重呼吸道病原菌和耐药基因检测的引物探针组合物和包括所述引物探针组合物的试剂盒,能够一次对样本中的11种临床常见下呼吸道病原菌和2种抗生素耐药基因进行同时检测,节省了人工操作时间,90分钟出检测报告,且降低了不同样本之间污染的概率,具有灵敏度高、特异性强等优点。