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[发明专利]一种可重构基因比对的计算系统及加速平台-CN201710624061.9在审
发明人： 权建校;吴建元;罗秋娴;韩文报 -专利权人：江苏微锐超算科技有限公司
申请日： 2017-07-27 - 公布日： 2017-12-08 - 主分类号： G06F19/22 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息学领域，旨在提供一种可重构基因比对的计算系统及加速平台。其中，可重构基因比对的计算系统包括至少一个计算模块，用于获取基因比对子任务，并对其进行处理，其中基因比对子任务是对一个基因比对任务进行切分得到的；第一互联模块，用于当所有计算模块完成基因比对子任务时，回收所有计算模块对基因比对子任务的处理结果；管理模块，与计算模块以及互联装置连接，用于监控计算模块以及第一互联模块的运行状态。本发明通过至少一个计算模块并行处理基因比对子任务，同时利用第一互联模块回收所有计算模块对基因比对子任务的处理结果，从而达到分散处理、集中管理的目的，进而能够提高基因比对的计算效率。
一种可重构基因计算系统加速平台

[发明专利]异构系统的编译方法和编译器-CN201210438958.X有效
发明人：何王全;文延华;刘勇;方燕飞;权建校;王珊珊;毛兴权 -专利权人：无锡江南计算技术研究所
申请日： 2012-11-06 - 公布日： 2013-03-20 - 主分类号： G06F9/44 文献下载
摘要：一种异构系统的编译方法和编译器，其中，所述的异构系统的编译方法包括：识别系统服务语句，分离计算语句和所述系统服务语句，对所述系统服务语句进行标识；对系统服务语句进行格式解析，收集系统服务信息数据；在从核程序中生成第一语句，将所述系统服务信息数据打包传送到主核端I/O缓冲，并向主核端发送服务请求；在主核程序中生成第二语句，包括从核计算加载服务程序和与所述服务请求相应的系统服务程序；在所述主核程序中生成第三语句，根据所述标识对所述系统服务程序进行轮询处理，并依据所述主核端I/O缓冲中的数据处理所述系统服务程序。本发明的异构系统的编译方法和编译器，在异构系统上实现了用户层同构视角的编程。
系统编译方法编译器

[发明专利]多层摘要文件生成方法及文件正确性验证方法-CN201210394765.9无效
发明人：何王全;方燕飞;权建校;刘勇;文延华;魏迪;毛兴权;王珊珊 -专利权人：无锡江南计算技术研究所
申请日： 2012-10-16 - 公布日： 2013-02-27 - 主分类号： H04L29/06 文献下载
摘要：大规模并行系统下的多层摘要文件生成方法及文件正确性验证方法。多层摘要文件生成方法包括：以原始Hash块大小为单位，将目标文件拆分成多个一级文件；用报文摘要算法为每个一级文件生成一级层间摘要；基于一级层间摘要，至少使用一次报文摘要算法生成总摘要。文件正确性验证方法包括：读取文件对应的多层摘要文件，获取原始Hash块大小；以原始Hash块大小为单位，将文件拆分成多个一级文件；用报文摘要算法为每个一级文件生成一级层间摘要，将一级层间摘要与多层摘要文件中对应的一级层间摘要进行比较，若不一致，则输出错误信息。本发明可在大规模并行系统上快速实现大量文件的正确性检查。
多层摘要文件生成方法正确性验证

[发明专利]并行任务动态分配方法-CN201210438264.6有效
发明人：何王全;魏迪;权建校;吴伟;刘勇;文延华;方燕飞 -专利权人：无锡江南计算技术研究所
申请日： 2012-11-06 - 公布日： 2013-02-13 - 主分类号： G06F9/46 文献下载
摘要：一种并行任务动态分配方法，适用于包括多级用户进程的并行系统，所述多级用户进程包括至少两级主进程和普通进程。该方法包括：主进程将本级待分配的并行任务排序，形成本级待分配任务队列；接收下一级用户进程发送的任务请求消息及所请求的任务数量；从本级待分配任务队列的队首开始，按照下一级用户进程所请求的任务数量，为下一级用户进程分配任务，并更新本级待分配任务队列。本发明可提高动态任务分配的效率，以达到众多计算资源间的负载平衡。
并行任务动态分配方法

[发明专利]数组多引用访问的分块方法和装置-CN201210442053.X有效
发明人：刘勇;文延华;方燕飞;权建校;何王全;王珊珊 -专利权人：无锡江南计算技术研究所
申请日： 2012-11-06 - 公布日： 2013-02-13 - 主分类号： G06F9/30 文献下载
摘要：一种数组多引用访问的分块方法和装置，其中，所述数组多引用访问的分块方法包括：分析程序内各循环内的数组访问模式，根据所述数组访问模式进行各循环内数组访问的关联关系分析，所述关联关系包括关联类型和关联距离；根据数组访问的关联类型和关联距离，结合存储系统结构特征计算数组分块参数和缓冲大小参数；输出数组访问的数组分块参数和缓冲大小参数。本发明的数组多引用访问的分块方法分析了应用程序中多个引用访问之间的相关性，又考虑了系统存储架构的结构限制，确保可以获得有效的数组分块参数和缓冲大小参数。
数组引用访问分块方法装置