本发明公开了莲DNA品种分子鉴定的MNP核心引物组合及其应用。本发明基于莲重测序数据,结合高通量测序技术筛选得到了用于检测莲多态性MNP标记位点的525对MNP核心引物组合,其核苷酸序列为SEQ ID No.1‑SEQ ID No.1050所示。本发明提供的525对MNP位点检测引物可兼容二代测序平台,具备高效、准确、高重现性等特点,满足莲标准指纹数据构建的要求;对莲待测样本和对照品种鉴定,能够准确鉴定所述待测莲样本的真实性,能够应用于包括构建莲DNA指纹数据库、检测莲品种真实性、莲种质资源遗传多样性分析或莲分子育种等方面,为莲分子育种及种子资源分析提供了技术支撑,加快了莲新品种选育周期。