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- [发明专利]一种gtf文件解析方法及工具-CN201910198991.1有效
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简洁;王智健;姜丽荣;孙子奎
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南京派森诺基因科技有限公司
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2019-03-15
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2023-07-25
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G16B50/00
- 本发明公开了一种gtf文件解析方法,其特征在于,包括如下步骤:初始化步骤,基因/转录本/基本结构读取步骤,基因/转录本分解步骤,基因/转录本/基本结构解析步骤。本发明还公开了一种gtf文件解析工具。本发明的有益效果在于:以基因或转录本为单位:本模块可以以基因或转录本为单位对gtf文件进行解析,将基因或转录本的子结构添加到解析结果的子节点中,使用者能对整个基因或转录本进行操作,更能满足生物信息分析的需求。占用内存少:先读取完一个基因/转录本所有行再解析,处理完这个基因/转录本后相应的内存就会被释放,不需要占用很多内存空间。功能丰富:可根据基因/转录本ID或name进行查找,多条件筛选基因/转录本/基本结构,根据子结构获得基因所在位置,获得基因外显子覆盖长度等功能。
- 一种gtf文件解析方法工具
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