本发明公开了大豆低硫胁迫特异响应基因、检测引物及其在大豆低硫养分胁迫诊断中的应用。所述基因包括GmSHM1、GmSHM2、GmAPR1、GmAPR2、GmAPR3、GmSSM1、GmSDI2一个或多个,其序列依次如SEQ ID NO:1~7所示或SEQ ID NO:8~14所示。所述基因可对低硫胁迫作出快速响应,2小时就被诱导。和对照养分相比,无论是短期(2小时)还是长期(10天)低硫胁迫均诱导这7个基因在大豆根叶表达,可以作为诊断大豆是否遭受低硫胁迫的分子标记。利用所述分子标记可对大豆是否处于低硫的土壤环境进行早期诊断,从而指导农业生产施硫肥,为精准农业施肥打下基础。