本发明属于生物工程的技术领域,具体涉及一种猪圆环病毒2型和3型的重组基因及其应用。所述重组基因为经过优化的PCV2d株ORF2蛋白的编码基因与经过优化的PCV3型表位的编码基因的融合而成;所述重组基因的核酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示;所述重组基因为经过优化的PCV3型表位的编码基因融合在经过优化的PCV2d株ORF2蛋白的编码基因的C端得到;通过获得有效的PCV3C病毒抗原表位的编码基因,根据PCV2d ORF2蛋白的结构特点,在其C端融合PCV3C抗原表位,获得重组基因,翻译得到的融合蛋白能在大肠杆菌实现高水平的可溶表达,且能组装成VLPs,小鼠中验证其免疫效果,初步结论证明该重组基因的设计具有较大的应用价值。