本发明属于基因工程技术领域,具体涉及水稻灰褐叶色突变GBL1基因及其应用,所述突变GBL1基因的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,其编码蛋白质的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示,与野生型相比,突变GBL1基因在LOC_Os01g56400第1内含子的第一个碱基发生了G到A的碱基替换,导致LOC_Os01g56400第1外显子最后20个碱基被切除,从而引起移码突变。该基因可导致水稻在苗期叶片出现严重白化且有不同程度的褐色斑点,抽穗期叶片呈白色条纹,成熟期叶片呈灰褐叶色,可应用于水稻叶色性状的分子育种中,育种出极具观赏价值的观赏型水稻。