[发明专利]一种代谢组学数据的校正方法及装置在审
申请号: | 202211699059.5 | 申请日: | 2022-12-28 |
公开(公告)号: | CN115825311A | 公开(公告)日: | 2023-03-21 |
发明(设计)人: | 陆子含;黄银;谢桂纲 | 申请(专利权)人: | 苏州帕诺米克生物医药科技有限公司 |
主分类号: | G01N30/86 | 分类号: | G01N30/86;G01N30/02;G01N30/72;G01N30/68;G01N30/74 |
代理公司: | 北京超凡宏宇专利代理事务所(特殊普通合伙) 11463 | 代理人: | 肖鹏 |
地址: | 215000 江苏省苏州市自由贸易试验区*** | 国省代码: | 江苏;32 |
权利要求书: | 查看更多 | 说明书: | 查看更多 |
摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 代谢 数据 校正 方法 装置 | ||
1.一种代谢组学数据的校正方法,其特征在于,其包括:
针对每种目标代谢物,根据待校正的样本数量M选择校正模型,将每个待校正样本的进样顺序和批次信息输入校正模型,输出预测误差;
所述校正模型的选择标准包括:当M位于[1,X3]区间内,则选择第一类模型;当M大于X3,则选择第二类模型;其中,X3为正整数且选自700~1200;所述第一类模型为基于质控样本的数据训练获得的校正模型的训练方法包括将质控样本的进样顺序、批次信息和目标代谢物在质控样本中的峰面积输入预先构建好的机器学习模型中进行数据拟合;所述第二类模型的训练方法包括将质控样本的进样顺序、批次信息、目标代谢物在质控样本中的峰面积,以及n个与目标代谢物结构相似的代谢物在质控样本中的峰面积输入预先构建好的机器学习模型中进行数据拟合;其中,n为正整数且为1~10;
基于所述预测误差计算校正因子,将目标代谢物的实际代谢组学检测结果除以所述校正因子,获得所述目标代谢物校正后的结果。
2.根据权利要求1所述的代谢组学数据的校正方法,其特征在于,所述第二类模型是基于集成树模型构建获得;
优选地,所述与目标代谢物结构相似是指:按照其他代谢物与目标代谢物的相关性系数降序排列,由高往低选择对应数量的物质作为与目标代谢物结构相似的代谢物;
优选地,所述相关性系数不低于0.6;
优选地,所述峰面积为目标代谢物在EIC图中的峰面积;
优选地,所述所有样本是指所有质控样本和待校正样本的集合,或所有待校正样本的集合;
优选地,所述第二类模型是基于集成树模型构建获得时,设置参数包括如下:参数n_estimators设置为int(sample_nr/3)、参数max_depth设置为7,补充特征数量为1;
其中,n_estimators为决策树的数量,sample_nr为项目样本量,max_depth为决策树的深度。
3.根据权利要求1所述的代谢组学数据的校正方法,其特征在于,所述第一类模型的训练方法包括将质控样本的进样顺序、批次信息和目标代谢物在质控样本中的峰面积输入预先构建好的机器学习模型中进行数据拟合;
优选地,所述第一类模型是基于支持向量机回归模型、集成树模型或随机森林模型构建获得;
优选地,当M位于[1,X3]区间内时,所述第一类模型包括第一模型~第四模型,所述校正方法还包括基于质谱检测到的M个样本中化合物的总数N选择校正模型,所述选择标准还包括如下:
当M位于[1,X1]区间内,则选择第一模型;
当M大于X1,且N位于[1,X4]区间内,选择第二模型;
当M位于[X1,X2]区间内,且N大于X4,选择第三模型;
当M大于X2区间内,且N大于X4,选择第四模型;
其中,X1~X2均为正整数,X1选自50~150,X4选自3000~6000,X2选自300~700;
所述第一模型是基于支持向量机回归模型构建获得的,所述第二模型是基于集成树模型构建获得的,所述第三模型是基于集成树模型或随机森林模型构建获得;所述第四模型是基于集成树模型或随机森林模型构建获得。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息,商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于苏州帕诺米克生物医药科技有限公司,未经苏州帕诺米克生物医药科技有限公司许可,擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作,请联系【客服】
本文链接:http://www.vipzhuanli.com/pat/books/202211699059.5/1.html,转载请声明来源钻瓜专利网。
- 数据显示系统、数据中继设备、数据中继方法、数据系统、接收设备和数据读取方法
- 数据记录方法、数据记录装置、数据记录媒体、数据重播方法和数据重播装置
- 数据发送方法、数据发送系统、数据发送装置以及数据结构
- 数据显示系统、数据中继设备、数据中继方法及数据系统
- 数据嵌入装置、数据嵌入方法、数据提取装置及数据提取方法
- 数据管理装置、数据编辑装置、数据阅览装置、数据管理方法、数据编辑方法以及数据阅览方法
- 数据发送和数据接收设备、数据发送和数据接收方法
- 数据发送装置、数据接收装置、数据收发系统、数据发送方法、数据接收方法和数据收发方法
- 数据发送方法、数据再现方法、数据发送装置及数据再现装置
- 数据发送方法、数据再现方法、数据发送装置及数据再现装置