[发明专利]一种检测差异化RNA编辑位点的方法

权利要求书

1.一种检测差异化RNA编辑位点的方法，其特征在于，包括步骤：

(a)提供待检测差异化RNA编辑位点的N个样本的独立样本集；其中，N为≥2的正整数；

其中，对于每个样本而言，其独立样本集包括：经联合突变检测的RNA突变位点数据集Z；其中，所述的经联合突变检测的RNA突变位点数据集Z是将(i)单个样本的RNA测序数据与参考基因组进行序列比对后获得的第一RNA序列比对文件数据，与(ii)所述单个样本的DNA测序数据与参考基因组进行序列比对后获得的第二DNA序列比对文件数据，进行联合突变检测处理后所获得的RNA突变位点数据集；

(b)对于待检测差异化RNA编辑位点的两个或多个样本，将相应样本的各自的所述经联合突变检测的RNA突变位点数据集Z中的RNA突变位点进行合并，从而获得合并的候选RNA编辑位点数据集，记为第三数据集；

(c)将所述经联合突变检测的RNA突变位点数据集Z，进行基于RNA突变位点的测序深度的质量控制处理，从而获得符合测序深度质量标准的编辑位点的数据集，记为第四数据集；

(d)将步骤(b)获得的第三数据集中的合并的候选RNA编辑位点数据，与步骤(c)获得的第四数据集中的符合测序深度质量标准的编辑位点的数据进行合并，从而获得含有候选RNA编辑位点信息数据和编辑位点的测序深度数据的第五数据集；和

(e)对所述第五数据集中的所述候选RNA编辑位点信息与编辑位点的测序深度数据进行统计分析，从而确定差异化RNA编辑位点；

其中，步骤(b)和(c)的步骤可互换、先后、或同时进行。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(b)中，对相应样本的各自的经联合突变检测的RNA突变位点数据集Z中的RNA突变位点进行合并后，还进行过滤处理，从而获得经过滤的合并的候选RNA编辑位点数据；所述的过滤的操作选自下组：

(b1)去除均聚核苷酸序列中的突变；

(b2)去除位于基因组重复序列中的突变；和

(b3)上述b1～b2的组合。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(c)具体包括：将所述n个数据集Z按正负链拆分，得到n个正链子集和n个负链子集，在两种子集中分别计算所述候选RNA编辑位点的深度，当所述深度大于编辑质量的阈值，则判定所述编辑位点为可靠的编辑位点。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在第五数据集中，包括候选RNA编辑位点信息与编辑深度列表。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(e)所述的统计分析还包括：对所述差异化RNA编辑位点作最终的选取。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(a)具体包括：

(s1)提供来自n个样本的RNA测序结果，其中n为大于等于2的正整数，和所述n个样本的DNA的全基因组测序(WGS)结果；

(s2)将所述来自n个样本的RNA测序结果与参考基因组分别比对，获得n个RNA序列比对文件并校正；

(s3)将所述参考基因组与所述n个样本的全基因组测序(WGS)结果分别比对，获得n个DNA序列比对文件并校正；和

(s4)结合所述n个校正后的RNA序列比对文件和所述n个校正后的DNA序列比对文件，对每个样本分别执行联合突变检测与过滤，获得经联合突变检测的n个位点集，记为n个数据集Z。

7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，步骤(s2)对所述的RNA序列比对文件的校正具体步骤包括：

(s2a)序列重新排列；

(s2b)标记样本库；

(s2c)标记重复序列

(s2d)分割含N片段；

(s2e)标记重新比对区域；

(s2f)局部重新比对；和

(s2g)BQSR校正。