[发明专利]用于鉴定五华三黄鸡品种的SNP引物组合、方法及应用

说明书

本发明公开了一种用于鉴定五华三黄鸡品种的SNP引物组合，其所述引物组合用于扩增选自如下WHP1位点到WHP6位点中的至少一种。本发明还公开了所述SNP引物组合的核苷酸序列，以及包含所述SNP引物组合的试剂盒及应用，以及基于SNP引物组合的鉴定五华三黄鸡品种的方法。当只有一个SNP位点基因型不符合五华三黄鸡相应的基因型，即可完全排除该个体属于五华三黄鸡；任选2个SNP位点组合，符合五华三黄鸡基因型的判定概率即可达到96％以上。这种方法操作简便，准确性高，可以有效降低市场上五华三黄鸡被假冒的风险。

技术领域

本发明属于生物技术领域，特别涉及一种用于鉴定五华三黄鸡品种的SNP引物组合、方法及应用。

背景技术

五华三黄鸡是梅州市唯一的优良地方鸡品种，具有良好的肉品质、抗逆性和悠久的饲养历史。由于商品鸡的迅速扩张，五华三黄鸡曾经历种群数量的锐减和遗传特性的侵蚀。相关研究单位和企业经过多年的资源收集、提纯复壮和选育，五华三黄鸡群体规模得以恢复。五华三黄鸡与其他品种最大的区别在于尾羽和主翼羽末端为白色。然而，市场所销售的黄鸡品种数量众多，尤其是在活禽逐渐被禁和冰鲜上市的背景下，如何保护五华三黄鸡不被假冒成为企业所要考虑的重要课题。

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，具有密度高、分布广泛、遗传稳定性高、富有代表性、检测便捷等特点。SNP位点常用来鉴定特定品种，具体是首先筛查个体基因组DNA中特有的品种差异性较大的SNP位点，然后组合多个SNP位点进行品种鉴定，通过位点频率来判断或排除特点品种，鉴定的结果往往更加客观、准确。因此，无论从科研还是应用实践中均急需开发一种能有效准确鉴定五华三黄鸡品种的产品及方法，应用于五华三黄鸡品种鉴定工作。

发明内容

本发明提供了一种用于鉴定五华三黄鸡品种的SNP引物组合。

具体地，用于鉴定五华三黄鸡品种的SNP引物组合，选自如下WHP1位点到WHP6位点中的至少一种：

WHP1位于1染色体上第34462795位，该SNP为A/G多态；

WHP2位于1染色体上第70372345位，该SNP为C/T多态；

WHP3位于1染色体上第71604752位，该SNP为G/T多态；

WHP4位于1染色体上第80537328位，该SNP为C/T多态；

WHP5位于7染色体上第23064190位，该SNP为A/C多态；

WHP6位于24染色体上第5415206位，该SNP为G/A多态。

各所述SNP位点引物组对应的核苷酸序列为：

WHP1的引物组：

WHP1F：CGTGGAATGAGAAAGCTGCACWHP1R：ATGAGGCCAATCAACTGCTCA；

WHP2的引物组：

WHP2F：CTCTCAGCCAGCACCTGTAAWHP2R：TGTTCTTGGGTGGAGGTGTG；

WHP3的引物组：

WHP3F：TGGCTTCTGTAACTTTCCGTGTWHP3R：TTGCACATACTTCATGCAACACT；

WHP4的引物组：

WHP4F：CTGGACAGTGCTTCCCTCAGWHP4R：AGGGGCCTGTCTCAATAGGT；

WHP5的引物组：