[发明专利]一种向日葵品种龙食葵叶绿体基因组及其应用

权利要求书

1.一种向日葵品种龙食葵叶绿体基因组，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

2.根据权利要求1所述的向日葵品种龙食葵叶绿体基因组在鉴定向日葵品种中的应用。

3.根据权利要求1所述的向日葵品种龙食葵叶绿体基因组在重建向日葵属系统发育树中的应用。

4.一种龙食葵品种鉴定方法，其特征在于，所述鉴定方法包括：

(1)采取CTAB法提取植物基因组总DNA；

(2)通过Illumina Hiseq 2000高通量测序平台完成测序，获取测序原始序列数据；

(3)利用Solexa QA软件去除原始序列中的杂质数据，获得高质量有效数据CleanReads；

(4)叶绿体基因组拼接、组装；

(5)将组装好的龙食葵叶绿体基因组核苷酸序列与向日葵属的叶绿体基因组核苷酸序列进行比对，当其相似指数达到99.9％以上时，才确定为向日葵。

5.根据权利要求4所述的龙食葵品种鉴定方法，其特征在于，步骤(4)的叶绿体基因组拼接和组装的方法为：

(41)使用Solexa QA软件对Fastq文件进行数据处理，便于删除长度较短以及质量较差的reads，选取参数h≥30，L≥60，通过数据处理的方法最终获得用于拼接的clean reads；

(42)从NCBI数据库下载已公布的向日葵叶绿体基因组序列作为参考序列，利用BLAT软件确定contig序列间的相对位置，通过SOAPdenovo软件生成contig并对contig序列进行拼接及校正；

(43)选用高质量的短序列利用GapCloser软件对序列上的gap进行填补，完成叶绿体基因组的拼接和组装；

(44)利用在线软件DOGMA完成叶绿体基因组的注释，从而获得完整的向日葵叶绿体基因组，利用在线软件OGDRAW绘制叶绿体基因组物理图谱。

6.根据权利要求4所述的龙食葵品种鉴定方法，其特征在于，所述Solexa QA软件参数：h≥30，L≥60；所述SOAP denove的Version：2；所述Gapcloser的Version：1.12。