[发明专利]基于细胞死亡相关基因的肝癌患者生存预测模型构建方法

权利要求书

1.基于细胞死亡相关基因的肝癌患者生存预测模型构建方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1：构建初步肝细胞癌患者生存风险评分预测模型；

S2：利用公共数据库TCGA数据库作为训练集，并基于细胞自噬、细胞铁死亡和细胞焦亡三种新型程序性细胞死亡相关的差异表达基因；

S3：通过单因素Cox回归分析，并从TCGA数据库中获取肝细胞癌患者的临床资料，确定与生存期相关的基因；

S4：通过多因素Cox回归分析对与生存期相关的基因进行筛选，以确定用于构建风险评分模型的基因；将筛选后的基因输入到初步肝细胞癌患者生存风险评分预测模型中进行训练得到最终肝细胞癌患者生存风险评分预测模型；

S5：根据基因相关表达量及风险相关系数计算得到风险指数（Risk Index)，利用风险指数对TCGA数据库生存预测进行分析，并通过另一个公共数据库ICGC数据库作为验证集进行外部验证。

2.根据权利要求1所述的基于细胞死亡相关基因的肝癌患者生存预测模型构建方法，其特征在于，在步骤S4中，通过多因素Cox回归分析对与生存期相关的基因包括5个细胞自噬基因、3个铁死亡基因和2个细胞焦亡基因。

3.根据权利要求2所述的基于细胞死亡相关基因的肝癌患者生存预测模型构建方法，其特征在于，所述5个细胞自噬基因分别为BIRC5、SQSTM1、HDAC1、RHEB以及ATIC。

4.根据权利要求3所述的基于细胞死亡相关基因的肝癌患者生存预测模型构建方法，其特征在于，所述3个细胞铁死亡基因分别为G6PD、ACACA以及SLC1A5。

5.根据权利要求4所述的基于细胞死亡相关基因的肝癌患者生存预测模型构建方法，其特征在于，所述2个细胞焦亡基因分别为BAK1以及GSDME。

6.根据权利要求5所述的基于细胞死亡相关基因的肝癌患者生存预测模型构建方法，其特征在于，所述风险指数（Risk Index)＝0.1450955×BIRC5基因表达水平 +0.19642991×SQSTM1基因表达水平 + 0.37106235×HDAC基因表达水平 + 0.3770679×RHEB基因表达水平 + 0.34668129×ATIC基因表达水平 + 0.16196511×G6PD基因表达水平 + 0.4035343×ACACA基因表达水平 + 0.20555184×SLC1A5基因表达水平 +0.28470975×BAK1基因表达水平 + 0.44820065×GSDME基因表达水平。

7.根据权利要求1所述的基于细胞死亡相关基因的肝癌患者生存预测模型构建方法，其特征在于，将TCGA队列中的患者基于中位风险指数（Risk Index）值分为高风险组和低风险组，将根据Cox回归分析得到的独立临床因素，结合风险评分预测模型，绘制Kaplan–Meier生存曲线图。

8.根据权利要求7所述的基于细胞死亡相关基因的肝癌患者生存预测模型构建方法，其特征在于，通过时间依赖性ROC曲线评估风险指数（Risk Index）对生存时间总生存期的预测性能。

9.根据权利要求8所述的基于细胞死亡相关基因的肝癌患者生存预测模型构建方法，其特征在于，通过计算Kaplan–Meier生存曲线下面积分别在1年、2年和3年的数值。

10.根据权利要求9所述的基于细胞死亡相关基因的肝癌患者生存预测模型构建方法，其特征在于，所述ICGC队列中的患者也根据中位数风险指数值分为高风险组和低风险组，并通过ICGC队列的结果来验证TCGA的生存预后分析结果。