[发明专利]免疫肽的鉴定方法、终端设备和可读存储介质

说明书

本申请公开了免疫肽的鉴定方法Alpha‑DDA、终端设备、可读存储介质和肽段标记方法在免疫肽的鉴定领域的应用，涉及生物信息学技术领域，本申请提供的免疫肽的鉴定方法在传统鉴定特征的基础上加入保留时间偏差分值和离子定性特征分值，通过这些特征鉴定得到的免疫肽更准确。并且该方法的召回率和精确度均较高，还具有很好的F1值，说明该方法是优异的平衡召回率和精确度的免疫肽的鉴定方案。另外，肽段N端标记方法的应用显著增强了b离子的信号强度，提高了二级谱图的质量，进一步促进了免疫肽的准确识别。

技术领域

本发明涉及生物信息学技术领域，尤其涉及一种免疫肽的鉴定方法、终端设备和可读存储介质。

背景技术

目前，最常见的预测鉴定新生抗原的方法是在全外显子组、转录组等基因水平上将肿瘤患者的正常细胞测序结果和肿瘤细胞测序结果比对到人类参考基因组，从比对结果中鉴定出肿瘤细胞特有的体细胞突变，再根据这些突变信息预测可能存在于肿瘤细胞表面的新生抗原。然后利用亲和力预测模型等算法分析这些预测得到的新生抗原与患者自身的I型人主要组织相容性复合体——人类白细胞抗原(human leukocyte antigen，简称HLA)的结合能力，筛选出与HLA结合能力好的新生抗原，用于肿瘤治疗。但是这类预测筛选新生抗原的方法暂未能提供直接证据来证明预测的新生抗原是否真实存在。

随着高分辨率质谱技术的发展，质谱仪扫描速度的增快，谱图数据信息的采集更全面，使直接鉴定能与HLA特异性结合的抗原表位成为可能。采用质谱技术能够通过一次实验即鉴定得到数千个MHC结合肽。目前主要通过借助理论参考谱图库对鉴定得到的MHC结合肽的质谱数据进行解析。但是，低丰度的碎裂离子谱图信息限制了数据的解析的敏感度与准确度。现有的质谱数据解析软件鉴定得到的MHC多肽结果参差不齐、存在较大差异，鉴定准确度不高。而免疫肽不同于基于胰蛋白酶的蛋白质组的分析，它需要一种能够在大而多样的搜索空间中进行高度敏感肽鉴定的方法。因此，亟需一种能够提高二级谱图质量且达到高敏感度高准确度的整体鉴定方法。

发明内容

本申请的目的在于提供一种免疫肽的鉴定方法Alpha-DDA，旨在解决现有的质谱解析搜库软件用于免疫肽分析的鉴定结果间存在较大差异并且鉴定准确度较低的问题，提供一种高敏感度高精准度的鉴定方法。

为实现以上目的，本申请第一方面提供一种免疫肽的鉴定方法，包括：

将所述免疫肽质谱数据与蛋白库理论谱图进行匹配打分，筛选与所述免疫肽质谱数据匹配的理论谱图对应的肽段作为数据集，所述数据集中的每一条肽段具有肽段谱图匹配分值；

计算所述数据集中的每一条肽段的保留时间偏差分值和离子定性特征分值；

将包括所述肽段谱图匹配分值、保留时间偏差分值和离子定性特征分值在内的特征输入集成学习器模型中得到归并后的总分值；

基于所述总分值计算FDR，根据FDR阈值从所述数据集中筛选得到免疫肽结果。

在一可选实施例中，所述计算所述数据集中的每一条肽段的保留时间偏差分值，包括：

获取所述免疫肽质谱数据中的每一条肽段的实际保留时间；

计算所述数据集中的每一条肽段的预测保留时间；

根据所述实际保留时间和所述预测保留时间计算得到所述保留时间偏差分值；

优选地，所述保留时间偏差分值的计算公式为：

其中Experimental_RT为所述实际保留时间，Predicted_RT为所述预测保留时间。

在一可选实施例中，所述计算所述数据集中的每一条肽段的预测保留时间，包括：

使用保留时间预测模型软件计算所述数据集中的每一条肽段的保留时间；