[发明专利]基于超算互联网的RNA结构预测方法及系统

说明书

本发明公开了基于超算互联网的RNA结构预测方法及系统，包括：获取待预测的RNA序列；对待预测的RNA序列进行编辑；对编辑后的RNA序列，进行RNA二级结构预测，得到RNA二级结构预测结果；从RNA二级结构预测结果中进行文件提取，得到文件提取结果；基于RNA二级结构文件提取结果和待预测的RNA序列，进行RNA三级结构预测，得到RNA三级结构预测结果；比较RNA三级结构预测结果与参考结构之间的差异，通过多个指标对差异进行衡量，选择最优的预测结构作为最终结构；其中，对待预测的RNA序列进行编辑、进行RNA二级结构预测和进行RNA三级结构预测；均调度多个超算算力资源进行实现。

技术领域

本发明涉及RNA结构预测技术领域，特别是涉及基于超算互联网的RNA结构预测方法及系统。

背景技术

本部分的陈述仅仅是提到了与本发明相关的背景技术，并不必然构成现有技术。

核糖核酸(缩写为RNA，即Ribonucleic Acid)是生物系统内最为重要的分子之一，它在生物信息传递过程中发挥着至关重要的作用。RNA由四种核苷酸按特定顺序排列组合成为一定长度，形成特定空间结构以后才能发挥生物学功能和参加生理活动。现存RNA结构预测工具需要在本地下载和安装，大多数是需要使用shell脚本调用或在终端以命令行的方式运行，操作不便甚至相当困难，并且因为硬件资源的不足，工具运行时间长导致工作效率低。

发明内容

为了解决现有技术的不足，本发明提供了基于超算互联网的RNA结构预测方法及系统；利用超算互联网的统筹能力充分发挥各个超算中心的优势，以解决在RNA结构预测过程中工具分散不便使用，工具运行时间长效率低下等问题。

第一方面，本发明提供了基于超算互联网的RNA结构预测方法；

基于超算互联网的RNA结构预测方法，包括：

获取待预测的RNA序列；对待预测的RNA序列进行编辑；

对编辑后的RNA序列，进行RNA二级结构预测，得到RNA二级结构预测结果；从RNA二级结构预测结果中进行文件提取，得到文件提取结果；

基于RNA二级结构文件提取结果和待预测的RNA序列，进行RNA三级结构预测，得到RNA三级结构预测结果；

比较RNA三级结构预测结果与参考结构之间的差异，通过多个指标对差异进行衡量，选择最优的预测结构作为最终结构；

其中，对待预测的RNA序列进行编辑、进行RNA二级结构预测和进行RNA三级结构预测；均调度多个超算算力资源进行实现。

第二方面，本发明提供了基于超算互联网的RNA结构预测系统；

基于超算互联网的RNA结构预测系统，包括：RNA结构预测平台；

所述RNA结构预测平台，包括：依次连接的RNA序列编辑模块、RNA二级结构预测模块、RNA三级结构预测模块和RNA结构比较模块；

所述RNA序列编辑模块还与RNA三级结构预测模块连接；

所述RNA二级结构预测模块还通过文件结果提取模块与RNA三级结构预测模块连接；

所述RNA序列编辑模块、RNA二级结构预测模块和RNA三级结构预测模块；均通过超算互联网调度系统与多个超算算力资源连接。

与现有技术相比，本发明的有益效果是：

本发明所述的RNA结构预测方法及系统集成了RNA序列编辑工具,RNA二级结构预测工具,RNA三级结构预测工具，RNA结构比较工具，用户可以通过工具面板直观的使用工具，操作更简捷，并且利用超算互联网的强大算力，能够加快结构预测计算，提高工作效率。

附图说明