[发明专利]快速筛选小鼠mmu-miR-25-3p与启动子结合靶点的方法有效
| 申请号： | 202210261235.0 | 申请日： | 2022-03-16 |
| 公开（公告）号： | CN114550821B | 公开（公告）日： | 2023-05-30 |
| 发明（设计）人： | 蒋澜;王祖贞;吕坤;童九翠;杨建课;冯翔;邓汉诺;罗天乐;汪乐瑶;杜金锐 | 申请（专利权）人： | 皖南医学院第一附属医院（皖南医学院弋矶山医院） |
| 主分类号： | G16B20/30 | 分类号： | G16B20/30 |
| 代理公司： | 南京业腾知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 32321 | 代理人： | 马静静 |
| 地址： | 241000*** | 国省代码： | 安徽;34 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 快速 筛选 小鼠 mmu mir 25 启动子 结合 方法 | ||
1.一种快速筛选小鼠mmu-miR-25-3p与启动子结合靶点的方法，其特征在于，包括如下步骤：
S1、下载小鼠最新基因组序列和对应的注释文件，以及小鼠mmu-miR-25-3p序列文件；
S2、在计算机中，将小鼠最新基因组序列对应的注释文件由gff格式转换为bed格式；从下载的小鼠最新基因组序列中提取小鼠最新基因组序列的染色体长度，并由此从小鼠最新基因组序列和对应的注释文件中提取启动子的序列；
S3、通过seedVicious软件筛选小鼠mmu-miR-25-3p序列与S2提取的启动子序列，保留与miRNA种子序列完全匹配靶标的种类，获得mmu-miR-25-3p与启动子靶标的预测结果。
2.根据权利要求1所述的快速筛选小鼠mmu-miR-25-3p与启动子结合靶点的方法，其特征在于，在步骤S1中从GENCODE数据库中下载小鼠最新基因组序列fasta和对应的注释文件gff，从miRBase数据库中下载小鼠mmu-miR-25-3p序列fasta文件。
3.根据权利要求2所述的快速筛选小鼠mmu-miR-25-3p与启动子结合靶点的方法，其特征在于，步骤S2中在对基因组序列和注释文件进行处理前，先通过计算机的终端平台将下载的文件解压。
4.根据权利要求3所述的快速筛选小鼠mmu-miR-25-3p与启动子结合靶点的方法，其特征在于，步骤S2中通过samtools软件提取小鼠最新基因组序列的染色体长度。
5.根据权利要求4所述的快速筛选小鼠mmu-miR-25-3p与启动子结合靶点的方法，其特征在于，步骤S2中通过bedtools软件提取启动子序列。
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