[发明专利]一种传输测序数据的方法

说明书

本发明公开一种传输测序数据的方法，利用序列化和远程过程调用实现测序仪和服务器之间快速、高效、可靠地传输高通量测序数据，缩短了整个测序流程完成所需时间。包括以下步骤：利用测序仪对待测样品测序，生成原始测序数据；在客户端实时序列化所述生成的原始测序数据，并通过远程过程调用将所述序列化后的原始测序数据传输至服务器；服务器接收客户端发起的对其所提供的远程过程调用接口服务的调用，在服务器将测序数据反序列化后存储。

技术领域

本发明涉及一种传输测序数据的方法，属于生物信息领域，更具体的，本发明的方法基于序列化和远程过程调用。

背景技术

随着高通量测序技术的发展和成熟，生成的测序数据量也急剧增长，爆炸式增长的数据量为测序数据分析工作带来了巨大的挑战。目前市场上的基因测序系统通常包括测序仪和服务器，测序仪采集数据，服务器装载相应的分析软件对数据进行分析。由于测序仪和服务器是两个独立的系统，将测序原始数据从测序仪转移到服务器就成为整个测序流程中非常重要的环节，甚至是限速步骤。已有的数据传输方法包括使用移动存储设备进行数据转存，这种方法有效率低、需要额外人工等缺点。还有些系统使用跨网络文件传输工具，如通过rsync进行传输，相比于使用移动存储设备，该方法效率高、可嵌入到整个系统中自动执行，但是需要首先将数据存储在测序仪的磁盘上，然后通过网络传输至服务器主机。即使单次测序产生的数据量也是很大的，将数据存储在测序仪主机上要求存储空间足够大，存在数据存储瓶颈；而且在数据传至服务器之后，对测序仪主机上的数据进行管理也需要时间和精力。还有一些公司解决这一问题的出发点是用多种方法对数据进行压缩，从而提高数据的传输效率。例如采取的方法是将测序数据以若干个碱基序列为一个序列单元，每个序列单元对应不同的特异符号，以特异符号的形式进行核酸测序数据的压缩和保存，从而减少数据的存储空间，例如利用该压缩方法最终将2.7Gb的数据压缩到2.0Gb，压缩率只有74％左右，压缩效率不高，且该方法还需要再进行解压缩，进一步增加了整个测序流程的时长。因此，需要开发一种速度更快、效率更高、更加可靠的高通量测序数据的传输方法，来优化测序流程的实现过程。

发明内容

为了克服以上方法的缺点，本发明公开一种传输测序数据的方法，利用序列化和远程过程调用实现测序仪和服务器之间快速、高效、可靠地传输高通量测序数据，缩短了整个测序流程完成所需时间。

本发明提供一种利用序列化和远程过程调用传输测序数据的方法，其特征在于，包括以下步骤：

利用测序仪对待测样品测序，生成原始测序数据；

在客户端实时序列化所述生成的原始测序数据，并通过远程过程调用将所述序列化后的原始测序数据传输至服务器；

服务器接收客户端发起的对其所提供的远程过程调用接口服务的调用，在服务器将测序数据反序列化后存储。

根据优选的实施方式，所述原始测序数据包括由测序仪的光学系统捕获的荧光图像。

根据优选的实施方式，所述序列化是指将数据对象转换为二进制流的过程；反序列化则是指将二进制流恢复为数据对象的过程。

根据优选的实施方式，所述客户端指的是测序仪端的控制软件。

根据优选的实施方式，原始测序数据在测序仪端不进行存储，生成原始测序数据后，实时进行数据传输。

根据优选的实施方式，所述方法进一步包括：

对存储在服务器的测序数据进行实时初步分析。也就是说，将测序数据从测序仪端通过序列化和远程过程调用传输至服务器后，对此测序数据进行实时初步分析。

根据优选的实施方式，重复进行上述数据传输、初步分析步骤，直至得到所有原始测序数据的初步分析结果。

根据优选的实施方式，所述初步分析结果为fastQ格式，包括碱基识别以及质量评分等。