[发明专利]一种胰腺癌早期诊断标志物及其联合筛选方法和应用在审
申请号: | 202210064785.3 | 申请日: | 2022-01-20 |
公开(公告)号: | CN114720616A | 公开(公告)日: | 2022-07-08 |
发明(设计)人: | 王红霞;俞思薇 | 申请(专利权)人: | 上海市第一人民医院 |
主分类号: | G01N30/88 | 分类号: | G01N30/88;G01N30/72;G01N30/86 |
代理公司: | 上海元好知识产权代理有限公司 31323 | 代理人: | 贾慧琴;包姝晴 |
地址: | 200080*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 胰腺癌 早期 诊断 标志 及其 联合 筛选 方法 应用 | ||
1.一种胰腺癌早期诊断标志物的联合筛选方法,其特征在于,所述的联合筛选方法包含以下步骤:
步骤1,分别取胰腺癌病人临床组织PDAC、与其配对的正常组织PNT;
步骤2,通过色谱质谱联用代谢组学分析方法,分析鉴定胰腺癌组织和/或血清与正常组织和/或血清之间的初步差异性代谢物;
步骤3,通过质谱成像可视化示出所述的初步差异性代谢物的空间分布,找到胰腺癌组织区域中异常分布的代谢物;
步骤4,对所述的异常分布的代谢物进行辅助筛选:基于组织活检和病理学的诊断,构建基于代谢组学的胰腺癌诊断Lasso模型,筛选出特异性代谢物;
步骤5,通过样本间联合分析以及样本间交叉验证,筛选出早期诊断标志物。
2.如权利要求1所述的胰腺癌早期诊断标志物的联合筛选方法,其特征在于,步骤2中,所述的分析鉴定胰腺癌组织与正常组织之间的初步差异性代谢物包含以下步骤:
步骤2.1,以VIP大于1.0为标准保留样本离子;
步骤2.2,对步骤2.1中得到的样本离子进行T检验,以FDR0.05为标准进一步保留样本离子;
步骤2.3,对步骤2.2中得到的样本离子进行差异倍数分析,以差异倍数大于2.0或小于0.5为标准再进一步保留样本离子;
步骤2.4,将步骤2.3得到的样本离子与代谢组数据库进行比对,得到组织中76种初步差异性代谢物。
3.如权利要求1所述的胰腺癌早期诊断标志物的联合筛选方法,其特征在于,步骤4中,所述的辅助筛选是先在组织样本中筛选特异性代谢物,包含以下步骤:
步骤4.1,将n=150个组织样本点作为训练集,n=90个组织样本点作为测试集,用于评估预先训练的Lasso模型的表现;
步骤4.2,将所述的76种初步差异性代谢物纳入Lasso分类器训练集的初始输入变量,只有对分类有贡献的变量被赋予非零权重,当只保留76个变量中的22个时,Lasso分类器的性能在测试集上达到最高的准确率;
步骤4.3,引用受试者工作特征ROC曲线来评价Lasso模型的最佳诊断性能,以ROC曲线上真实阳性率最高、假阳性率最低为截断点,得到最佳诊断性能,表明CPSI-MS数据采集结合Lasso模型能够作为与组织活检互补的潜在体外诊断策略。
4.如权利要求1所述的胰腺癌早期诊断标志物的联合筛选方法,其特征在于,所述的联合筛选方法是在组织样本和血清样本之间进行联合筛选。
5.如权利要求1所述的胰腺癌早期诊断标志物的联合筛选方法,其特征在于,步骤5中,所述的样本间联合分析以及样本间交叉验证,包含以下步骤:
步骤5.1,采用CPSI-MS进行独立的血清代谢组学分析,分析鉴定胰腺癌患者和健康供体的血清样本中初步差异性代谢物,确定出血清中74种初步差异性代谢物;
步骤5.2,进行组织、血清联合分析以阐明差异性代谢物共存于肿瘤组织和血清中,交叉比对组织中76种初步差异性代谢物和血清中74种初步差异性代谢物,确定得到18种差异性代谢物;
步骤5.3,将所述的18种差异性代谢物纳入Lasso分类器训练集的初始输入变量,当只保留18个变量中的15个时,Lasso分类器的性能在测试集上达到最高的准确率,表明CPSI-MS数据采集结合Lasso模型能够作为血清筛查互补的潜在体外诊断策略。
6.根据权利要求1-5中任意一项所述的胰腺癌早期诊断标志物的联合筛选方法所得到的胰腺癌早期诊断标志物,其特征在于,所述的胰腺癌早期诊断标志物包含:2-丁酮酸、肌酐、N-甲基烟酰胺、谷氨酸、谷氨酰胺、甲硫氨酸、岩藻糖、色胺、辛酸、乙酰肉碱、色氨酸、丁酰肉碱、甘油磷脂酰胆碱、亚油酸、亚麻酸中的任意一种或者任意两种以上的组合。
7.如权利要求6所述的胰腺癌早期诊断标志物在制备胰腺癌早期诊断试剂或试剂盒中的应用。
8.一种胰腺癌早期诊断的试剂,其特征在于,所述的试剂能够检测样本中权利要求6所述的早期诊断标志物的表达水平。
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