[发明专利]一种病毒突变体的生成方法、系统、计算机设备及介质有效
申请号: | 202111085705.4 | 申请日: | 2021-09-16 |
公开(公告)号: | CN113838526B | 公开(公告)日: | 2023-08-25 |
发明(设计)人: | 刘华清;周顺;高翠;韩蓝青;涂嘉琦;张启星 | 申请(专利权)人: | 赛业(广州)生物科技有限公司 |
主分类号: | G16B20/50 | 分类号: | G16B20/50;G16B5/00 |
代理公司: | 广州嘉权专利商标事务所有限公司 44205 | 代理人: | 郑宏谋 |
地址: | 510663 广东省广州市高新技术产业开发区广州科学城*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 病毒 突变体 生成 方法 系统 计算机 设备 介质 | ||
1.一种病毒突变体的生成方法,其特征在于,包括以下步骤:
制备突变文库,所述突变文库包括生存能力数据集和靶向性数据集;
根据所述生存能力数据集训练得到生存能力预测模型,根据所述靶向性数据集训练得到靶向性预测模型;
获取若干初始突变体,根据所述初始突变体构建得到模型预测种群;
对所述模型预测种群中的第二突变体进行特性分数预测,得到特性分数;其中,所述特性分数预测包括根据所述生存能力预测模型预测得到所述第二突变体的生存能力分数、以及根据所述靶向性预测模型预测得到所述第二突变体的靶向性分数;
根据所述特性分数对所述模型预测种群中的第二突变体进行非支配排序,计算所述模型预测种群的拥挤度;
根据非支配排序结果和所述拥挤度确定第三突变体,根据所述第三突变体构建得到目标种群,对所述目标种群进行筛选得到目标突变体。
2.根据权利要求1所述的一种病毒突变体的生成方法,其特征在于,所述获取若干初始突变体,根据所述初始突变体构建得到模型预测种群这一步骤,包括:
在序列空间中搜索得到若干所述初始突变体;
通过训练得到的预测模型得到所述初始突变体的特性分数,根据所述特性分数筛选所述初始突变体得到初始母代种群;
选择所述初始母代种群中的部分突变体进行繁衍构建得到子代种群,将所述子代种群和所述初始母代种群进行合并得到模型预测种群。
3.根据权利要求1所述的一种病毒突变体的生成方法,其特征在于,所述根据非支配排序结果和所述拥挤度确定第三突变体,根据所述第三突变体构建得到目标种群,对所述目标种群进行筛选得到目标突变体这一步骤,包括:
重复获取若干所述非支配排序结果以及所述拥挤度,根据所述非支配排序结果以及所述拥挤度构建得到若干个所述目标种群;
根据所述特性分数,对所述目标种群中的第三突变体进行排序,对排序后的第三突变体进行贪婪过滤,得到所述目标突变体。
4.根据权利要求1所述的一种病毒突变体的生成方法,其特征在于,在所述对所述目标种群进行筛选得到目标突变体这一步骤之后,所述方法还包括:
通过生物湿实验对所述目标突变体的特性进行验证;所述湿实验包括以下步骤:
根据所述目标突变体的衣壳的碱基序列,合成序列并构建质粒;
根据所述质粒转染细胞得到病毒突变体,确定所述病毒突变体的生存能力、免疫原性以及组织或器官的特异靶向性。
5.根据权利要求1所述的一种病毒突变体的生成方法,其特征在于,所述根据所述特性分数对所述模型预测种群中的第二突变体进行非支配排序这一步骤,包括:
根据所述特性分数确定所述第二突变体的支配关系或非支配关系;
根据所述支配关系或所述非支配关系确定若干非支配个体,将所述非支配个体进行整合得到若干非支配层,通过所述非支配层对所述第二突变体进行分层排序。
6.根据权利要求5所述的一种病毒突变体的生成方法,其特征在于,所述计算所述模型预测种群的拥挤度这一步骤,包括:
在所述非支配层中,根据所述特性分数对所述第二突变体进行排序,计算排序后所述第二突变体与相邻突变体之间特性分数的差值,将所述差值求和得到所述拥挤度。
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