[发明专利]一种与羊胎儿期皮肤毛囊发生发育相关的Hub基因及其筛选方法和应用在审
| 申请号: | 202111075372.7 | 申请日: | 2021-09-14 |
| 公开(公告)号: | CN113699161A | 公开(公告)日: | 2021-11-26 |
| 发明(设计)人: | 张燕军;王瑞军;吴志红;海尔汗;尚方正;李金泉 | 申请(专利权)人: | 内蒙古农业大学 |
| 主分类号: | C12N15/12 | 分类号: | C12N15/12;C12Q1/6888;G06K9/62;G16B20/30 |
| 代理公司: | 深圳市千纳专利代理有限公司 44218 | 代理人: | 严宏伟 |
| 地址: | 010010 内蒙古自*** | 国省代码: | 内蒙古;15 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 胎儿 皮肤 毛囊 发生 发育 相关 hub 基因 及其 筛选 方法 应用 | ||
1.一种与羊胎儿期皮肤毛囊发生发育相关的Hub基因,其特征在于,所述Hub基因包括
2.根据权利要求1所述的Hub基因,其特征在于,所述
3.根据权利要求1或2所述的Hub基因,其特征在于,所述羊为内蒙古绒山羊。
4.权利要求1-3任一项所述的Hub基因在研究内蒙古绒山羊胎儿期皮肤毛囊发生发育中的应用。
5.权利要求1-3任一项所述的Hub基因的筛选方法,包括以下步骤:
(1)加权基因共表达网络的构建:根据所有基因的表达量对所有样本进行聚类,分析出样本关系,根据无尺度网络原则确定POWER值,设定合并模块的相似度,每个模块最少包含基因数为50个;
(2)筛选特定目标模块:通过观察样本表达模式热图和模块基因表达热图,筛选出与羊胎儿期皮肤毛囊发生发育相关的模块;
(3)筛选特定目标模块候选Hub基因:通过样本表达模式分析、模块基因表达模式分析和模块基因相关性分析,获得各个模块基因的基本参数,高连通性的基因与模块相关系数≥0.9的基因是潜在的候选Hub基因;
(4)对目标模块关键候选基因GO/KEGG功能富集分析:对均富集到3个与皮肤毛囊发生发育相关生物学过程的基因和富集到≥3个与毛囊发生发育相关信号通路的基因取交集,
6.根据权利要求5所述的筛选方法,其特征在于,所述步骤(1)中,所述样本包括羊胎儿期七个时期:45天、55天、65天、75天、95天、115天和135天体侧皮肤的转录组数据。
7.根据权利要求6所述的筛选方法,其特征在于,所述羊为内蒙古绒山羊。
8.根据权利要求5所述的筛选方法,其特征在于,所述步骤(1)中,所述POWER值为4,合并模块的相似度为0.85。
9.根据权利要求5所述的筛选方法,其特征在于,所述步骤(3)中,各个模块基因的基本参数包括:各模块基因的连通性,基因与模块的相关系数。
10.权利要求5-9任一项所述的筛选方法在研究内蒙古绒山羊胎儿期皮肤毛囊发生发育中的应用。
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