[发明专利]巨型病毒或巨型噬菌体来源氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法及正交体系在审

专利信息
申请号: 202110657573.1 申请日: 2021-06-13
公开(公告)号: CN113481218A 公开(公告)日: 2021-10-08
发明(设计)人: 姚文兵;宋潇达;刘利;高向东;田浤 申请(专利权)人: 中国药科大学
主分类号: C12N15/52 分类号: C12N15/52;C12N15/70;C12N15/85;C12N1/21;C12N5/10;C12P21/00;C12R1/19
代理公司: 南京艾普利德知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 32297 代理人: 周海斌
地址: 210009 江*** 国省代码: 江苏;32
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摘要:
搜索关键词: 巨型 病毒 噬菌体 来源 trna 合成 正交 体系 构建 方法
【权利要求书】:

1.一种巨型病毒或巨型噬菌体来源的氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法,其特征是,包括以下步骤:

第一步、对现有巨型病毒及巨型噬菌体的基因组进行分析,并从中选择一组来源于巨型病毒或巨型噬菌体的候选氨酰tRNA合成酶;

第二步、搜寻原核细胞内候选配对tRNA,或者搜寻真核细胞内候选配对tRNA;

第三步、在预设原核宿主中,将候选氨酰tRNA合成酶与原核细胞内候选配对tRNA分别配对,检测其正交性,并获得原核正交体系;或者,在预设真核宿主中,将候选氨酰tRNA合成酶与真核细胞内候选配对tRNA分别配对,检测其正交性,并获得真核正交体系。

2.根据权利要求1所述的巨型病毒或巨型噬菌体来源的氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法,其特征是,所述候选氨酰tRNA合成酶为酪氨酰tRNA合成酶;所述候选配对tRNA为与酪氨酰tRNA合成酶对应的Tyr-tRNA。

3.根据权利要求1所述的巨型病毒或巨型噬菌体来源的氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法,其特征是,第二步中,在搜寻前,根据第一步所得候选氨酰tRNA合成酶的多肽序列构建生物进化树,并判断是否有候选氨酰tRNA合成酶接近真核生物或古生菌、或者接近细菌;

若有候选氨酰tRNA合成酶接近真核生物或古生菌,则判断该候选氨酰tRNA合成酶在原核细胞中具有正交可能性;

若有候选氨酰tRNA合成酶接近细菌,则判断该候选氨酰tRNA合成酶在真核细胞中具有正交可能性。

4.根据权利要求3所述的巨型病毒或巨型噬菌体来源的氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法,其特征是,第二步中,在搜寻原核细胞内候选配对tRNA时,搜寻目标包括:第一步涉及的所有或部分巨型病毒、或者所有或部分巨型噬菌体,所述部分巨型病毒或部分巨型噬菌体的宿主或潜在宿主,含有与预定候选氨酰tRNA合成酶序列类似的氨酰tRNA合成酶的微生物;

其中,所述部分巨型病毒为含有候选氨酰tRNA合成酶、且该候选氨酰tRNA合成酶在原核细胞中具有正交可能性的巨型病毒;

所述部分巨型噬菌体为含有候选氨酰tRNA合成酶、且该候选氨酰tRNA合成酶在原核细胞中具有正交可能性的巨型噬菌体;

所述预定候选氨酰tRNA合成酶有至少一个,且选自在原核细胞中具有正交可能性的候选氨酰tRNA合成酶;

在判断氨酰tRNA合成酶是否与预定候选氨酰tRNA合成酶序列类似时,采用生物大分子序列比对搜索工具BLAST进行比对并按预设条件进行鉴别;

搜寻过程包括:在搜寻目标的基因组数据中搜寻并获取与候选氨酰tRNA合成酶对应的候选配对tRNA。

5.根据权利要求3所述的巨型病毒或巨型噬菌体来源的氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法,其特征是,第二步中,在搜寻真核细胞内候选配对tRNA时,搜寻目标包括:第一步涉及的所有或部分巨型病毒、或者所有或部分巨型噬菌体,所述部分巨型病毒或部分巨型噬菌体的宿主或潜在宿主,含有与预定候选氨酰tRNA合成酶序列类似的氨酰tRNA合成酶的微生物;

其中,所述部分巨型病毒为含有候选氨酰tRNA合成酶、且该候选氨酰tRNA合成酶在真核细胞中具有正交可能性的巨型病毒;

所述部分巨型噬菌体为含有候选氨酰tRNA合成酶、且该候选氨酰tRNA合成酶在真核细胞中具有正交可能性的巨型噬菌体;

所述预定候选氨酰tRNA合成酶有至少一个,且选自在真核细胞中具有正交可能性的候选氨酰tRNA合成酶;

在判断氨酰tRNA合成酶是否与预定候选氨酰tRNA合成酶序列类似时,采用生物大分子序列比对搜索工具BLAST进行比对并按预设条件进行鉴别;

搜寻过程包括:在搜寻目标的基因组数据中搜寻并获取与候选氨酰tRNA合成酶对应的候选配对tRNA。

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