[发明专利]巨型病毒或巨型噬菌体来源氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法及正交体系在审
申请号: | 202110657573.1 | 申请日: | 2021-06-13 |
公开(公告)号: | CN113481218A | 公开(公告)日: | 2021-10-08 |
发明(设计)人: | 姚文兵;宋潇达;刘利;高向东;田浤 | 申请(专利权)人: | 中国药科大学 |
主分类号: | C12N15/52 | 分类号: | C12N15/52;C12N15/70;C12N15/85;C12N1/21;C12N5/10;C12P21/00;C12R1/19 |
代理公司: | 南京艾普利德知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 32297 | 代理人: | 周海斌 |
地址: | 210009 江*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 巨型 病毒 噬菌体 来源 trna 合成 正交 体系 构建 方法 | ||
1.一种巨型病毒或巨型噬菌体来源的氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法,其特征是,包括以下步骤:
第一步、对现有巨型病毒及巨型噬菌体的基因组进行分析,并从中选择一组来源于巨型病毒或巨型噬菌体的候选氨酰tRNA合成酶;
第二步、搜寻原核细胞内候选配对tRNA,或者搜寻真核细胞内候选配对tRNA;
第三步、在预设原核宿主中,将候选氨酰tRNA合成酶与原核细胞内候选配对tRNA分别配对,检测其正交性,并获得原核正交体系;或者,在预设真核宿主中,将候选氨酰tRNA合成酶与真核细胞内候选配对tRNA分别配对,检测其正交性,并获得真核正交体系。
2.根据权利要求1所述的巨型病毒或巨型噬菌体来源的氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法,其特征是,所述候选氨酰tRNA合成酶为酪氨酰tRNA合成酶;所述候选配对tRNA为与酪氨酰tRNA合成酶对应的Tyr-tRNA。
3.根据权利要求1所述的巨型病毒或巨型噬菌体来源的氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法,其特征是,第二步中,在搜寻前,根据第一步所得候选氨酰tRNA合成酶的多肽序列构建生物进化树,并判断是否有候选氨酰tRNA合成酶接近真核生物或古生菌、或者接近细菌;
若有候选氨酰tRNA合成酶接近真核生物或古生菌,则判断该候选氨酰tRNA合成酶在原核细胞中具有正交可能性;
若有候选氨酰tRNA合成酶接近细菌,则判断该候选氨酰tRNA合成酶在真核细胞中具有正交可能性。
4.根据权利要求3所述的巨型病毒或巨型噬菌体来源的氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法,其特征是,第二步中,在搜寻原核细胞内候选配对tRNA时,搜寻目标包括:第一步涉及的所有或部分巨型病毒、或者所有或部分巨型噬菌体,所述部分巨型病毒或部分巨型噬菌体的宿主或潜在宿主,含有与预定候选氨酰tRNA合成酶序列类似的氨酰tRNA合成酶的微生物;
其中,所述部分巨型病毒为含有候选氨酰tRNA合成酶、且该候选氨酰tRNA合成酶在原核细胞中具有正交可能性的巨型病毒;
所述部分巨型噬菌体为含有候选氨酰tRNA合成酶、且该候选氨酰tRNA合成酶在原核细胞中具有正交可能性的巨型噬菌体;
所述预定候选氨酰tRNA合成酶有至少一个,且选自在原核细胞中具有正交可能性的候选氨酰tRNA合成酶;
在判断氨酰tRNA合成酶是否与预定候选氨酰tRNA合成酶序列类似时,采用生物大分子序列比对搜索工具BLAST进行比对并按预设条件进行鉴别;
搜寻过程包括:在搜寻目标的基因组数据中搜寻并获取与候选氨酰tRNA合成酶对应的候选配对tRNA。
5.根据权利要求3所述的巨型病毒或巨型噬菌体来源的氨酰tRNA合成酶/tRNA正交体系构建方法,其特征是,第二步中,在搜寻真核细胞内候选配对tRNA时,搜寻目标包括:第一步涉及的所有或部分巨型病毒、或者所有或部分巨型噬菌体,所述部分巨型病毒或部分巨型噬菌体的宿主或潜在宿主,含有与预定候选氨酰tRNA合成酶序列类似的氨酰tRNA合成酶的微生物;
其中,所述部分巨型病毒为含有候选氨酰tRNA合成酶、且该候选氨酰tRNA合成酶在真核细胞中具有正交可能性的巨型病毒;
所述部分巨型噬菌体为含有候选氨酰tRNA合成酶、且该候选氨酰tRNA合成酶在真核细胞中具有正交可能性的巨型噬菌体;
所述预定候选氨酰tRNA合成酶有至少一个,且选自在真核细胞中具有正交可能性的候选氨酰tRNA合成酶;
在判断氨酰tRNA合成酶是否与预定候选氨酰tRNA合成酶序列类似时,采用生物大分子序列比对搜索工具BLAST进行比对并按预设条件进行鉴别;
搜寻过程包括:在搜寻目标的基因组数据中搜寻并获取与候选氨酰tRNA合成酶对应的候选配对tRNA。
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