[发明专利]一种ctDNA测序标签接头、文库、检测方法和试剂盒有效
申请号: | 202110458794.6 | 申请日: | 2021-04-27 |
公开(公告)号: | CN113373524B | 公开(公告)日: | 2022-10-25 |
发明(设计)人: | 邵阳;吴雪;汪笑男;常志力;包华;张秀艳 | 申请(专利权)人: | 南京世和基因生物技术股份有限公司;南京世和医疗器械有限公司 |
主分类号: | C40B70/00 | 分类号: | C40B70/00;C40B80/00;C40B40/06;C12Q1/6869;G16B30/00 |
代理公司: | 南京新慧恒诚知识产权代理有限公司 32424 | 代理人: | 邓唯 |
地址: | 210032 江苏省南京市高新开发区*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 ctdna 标签 接头 文库 检测 方法 试剂盒 | ||
1.一种ctDNA检测方法,其特征在于,包括如下步骤:
S1,采用ctDNA测序标签接头获得测序文库并测序;根据样本标签对数据进行合并,对于在同一类下的读段,丢弃掉数量小于阈值的结果;
S2,对于含有相同的样本标签的数据,根据分子标签进行归类;对于含有相同的分子标签的读段,再根据读段的序列进行聚类,在一类中的读段中,只有当全部的读段的碱基完全一致时,则将该类的读段数据标记为真实数据;如果在一类中的读段中,有读段与其它的读段的碱基不一致,则将这一类别下的全部读段留作其它用途;
S3,对于S2中得到的真实数据结果,选取含有相互互补的分子标签的两类读段数据,若读段数据也在两类中相互互补,则标记为正确读段数据;如果不互补,则认为是测序过程中引入的错误;
所述的ctDNA测序标签接头包括第一接头以及第二接头;所述的第一接头以及第二接头都为Y型接头,每个Y型接头包括两条链,其中包括互补段和非互补段;在所述的互补段中包括分子标签,在非互补段中包括样本标签;分子标签通过随机的方式生成的,且长度为4bp;
第一接头中的第一链上的样本标签的核苷酸序列分别选自如SEQ ID NO.1-368中的第1-11个碱基所示的序列;第一接头中的第二链上的样本标签的核苷酸序列分别选自与第一链在同一条上的第12-22个碱基所示的序列;
第二接头中的第一链上的样本标签的核苷酸序列分别选自如SEQ ID NO.1-368中的第1-11个碱基所示的序列;第二接头中的第二链上的样本标签的核苷酸序列分别选自与第一链在同一条上的第12-22个碱基所示的序列;
所述的第一接头以及第二接头中的样本标签相互构成一个特异性组合;所述的特异性组合是指:第一接头的第一链的样本标签与第二接头的第二链的样本标签相同;并且第一接头的第二链的样本标签与第二接头的第一链的样本标签相同;
第一接头的每个接头之间的样本标签序列都互不相同;第二接头的每个接头之间的样本标签序列都互不相同;
第一接头和第二接头数量为368个。
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