[发明专利]一种基因测序方法和装置

权利要求书

1.一种基因测序方法，其特征在于，包括执行以下步骤：

基于参数文件创建项目目录树并在所述项目目录树中生成具有多个分析任务作业的作业流；

获取基因测序数据，并基于所述参数文件在所述作业流中依次调用每个所述分析任务来处理所述基因测序数据；

响应于有分析任务在处理所述基因测序数据时请求调用应用软件，而允许所述分析任务基于所述参数文件从应用软件平台调用所述应用软件以处理所述基因测序数据；

响应于有分析任务或所述应用软件在处理所述基因测序数据时请求调用测序参考数据，而允许所述分析任务或所述应用软件基于所述参数文件从数据库系统调用所述测序参考数据以处理所述基因测序数据；

响应于有分析任务完成并输出临时结果，而将所述临时结果输入所述作业流中的下一个分析任务以继续处理所述基因测序数据直到获得基因测序结果。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，还包括：

响应于有分析任务在处理所述基因测序数据时发生中断，而获取在中断时生成的任务状态信息和错误信息；

响应于接收到使发生报错中断的所述作业流继续执行的指示，而基于所述任务状态信息和所述错误信息在中断位置重新执行所述分析任务。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述参数文件包括工程名、工程类型、和工程主目录；基于参数文件创建项目目录树包括：基于所述工程名、所述工程类型、和所述工程主目录创建所述项目目录树。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述工程主目录包括中间数据、结果输出、命令脚本、和监控日志；

基于参数文件在所述项目目录树中生成具有多个分析任务作业的作业流包括：使每个所述分析任务的所述中间数据、所述结果输出、所述命令脚本、和所述监控日志均存储在所述项目目录树的所述工程主目录中。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，基于所述参数文件在所述作业流中依次调用每个所述分析任务来处理所述基因测序数据包括：

基于所述工程主目录中的所述命令脚本在所述作业流中依次调用每个所述分析任务，其中所述命令脚本声明了多个所述分析任务之间的数据处理顺序。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述参数文件包括多个所述应用软件的调用参数；

允许所述分析任务基于所述参数文件从应用软件平台调用所述应用软件包括：基于所述调用参数确定所述应用软件是否可用、以及所述应用软件启动时的必要配置。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述参数文件包括多个测序参考数据组的名称、编号、和引用目录；

允许所述分析任务或所述应用软件基于所述参数文件从数据库系统调用所述测序参考数据包括：基于被调用的所述测序参考数据确定所在的所述测序参考数据组，并通过访问所述测序参考数据组的所述引用目录来获取所述测序参考数据。

8.一种基因测序装置，其特征在于，包括：

处理器；和

存储器，存储有所述处理器可运行的程序代码，所述程序代码在被运行时依次执行以下步骤：

基于参数文件创建项目目录树并在所述项目目录树中生成具有多个分析任务作业的作业流；

获取基因测序数据，并基于所述参数文件在所述作业流中依次调用每个所述分析任务来处理所述基因测序数据；

响应于有分析任务在处理所述基因测序数据时请求调用应用软件，而允许所述分析任务基于所述参数文件从应用软件平台调用所述应用软件以处理所述基因测序数据；

响应于有分析任务或所述应用软件在处理所述基因测序数据时请求调用测序参考数据，而允许所述分析任务或所述应用软件基于所述参数文件从数据库系统调用所述测序参考数据以处理所述基因测序数据；

响应于有分析任务完成并输出临时结果，而将所述临时结果输入所述作业流中的下一个分析任务以继续处理所述基因测序数据直到获得基因测序结果。